symlink - 为什么 Snakemake 看不到符号链接文件？

Question

我有一条规则，其输出文件是符号链接文件。即使正在创建链接文件，Snakemake 也会以 MissingOutputException 退出并将输出文件列为丢失。如果不是使用“ln -s”创建符号链接，而是使用“cp -p”复制文件，它可以工作。我尝试增加 --latency-wait 但没有任何区别。

标签： symlinksnakemake

Answer 1

听起来您在符号链接时使用源文件的相对路径。使用绝对路径。