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python - 如何让内循环考虑外循环的每次迭代？

问题描述

由 组成的三字母集'A', 'U', 'G' or 'C'定义为密码子。每个密码子对应于 20 个字母中的一个。这些字母（氨基酸）的集合被定义为蛋白质。文件“codons.txt”包含密码子和相应的字母。

接下来的问题是：内部 for 循环只工作一次——它只将 txt 文件中的行与第一个密码子进行比较。然后，据我了解，该方法跳过了内部循环。

代码：

path = r'C:\Users\...\codons.txt'
f = open(path, 'r')

def prot(DNA):
    protein = ''
    a = True
    for i in range (0, len(DNA)-2,3):
        codon = DNA[i:i+3:1]
        print(codon)
        for line in f:
            if line[0:3:1] == codon:
                protein += line[4:5:1]
                print(protein)
    return protein


prot('AGUCAGGAUAGUCUUA')

输出：

 AGU
 S
 CAG
 GAU
 AGU
 CUU

接下来的问题是：如何使内循环对每个密码子起作用？

标签： pythonloopsfor-loopbioinformatics

解决方案

遍历文件 ( for line in f:) 时，它会在到达文件末尾时停止。

您可以：

  • 使用将文件阅读器位置重置为文件的开头f.seek(0)

  • 或更改循环的顺序，以便您只对文件进行一次迭代。

    def prot(DNA):
    protein = ''

    with open(path, 'r') as f:
        for line in f:
            for i in range (0, len(DNA)-2,3):
                codon = DNA[i:i+3:1]
                print(codon)

                    if line[0:3:1] == codon:
                        protein += line[4:5:1]
                        print(protein)

    return protein

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