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python - 在python中存储DNA矩阵的最佳方法

问题描述

我想在 Python 中存储 DNA 的字符数组，每个单词作为每个元素。

例如，我想改变

 1. cctgatagacgctatctggctatccaggtacttaggtcctctgtgcgaatctatgcgtttccaaccat
 2. agtactggtgtacatttgatccatacgtacaccggcaacctgaaacaaacgctcagaaccagaagtgc
 3. aaacgttagtgcaccctctttcttcgtggctctggccaacgagggctgatgtataagacgaaaatttt
 4. agcctccgatgtaagtcatagctgtaactattacctgccacccctattacatcttacgtccatataca
 5. ctgttatacaacgcgtcatggcggggtatgcgttttggtcgtcgtacgctcgatcgttaccgtacggc

成二维矩阵形式，每个元素存储一个字符。我想过numpy，但我认为它可能不适合这些字符串。

Python中最好的方法是什么？

标签： python

解决方案

简单明显的答案是使用列表列表：

a = "cctgatagacgctatctggctatccaggtacttaggtcctctgtgcgaatctatgcgtttccaaccat"
b = "agtactggtgtacatttgatccatacgtacaccggcaacctgaaacaaacgctcagaaccagaagtgc"
matrix = [list(a), list(b)]
print(matrix)

[
  ['c', 'c', 't', 'g', 'a', 't', 'a', 'g', 'a', 'c', 'g', 'c', 't', 'a', 't', 'c', 't', 'g', 'g', 'c', 't', 'a', 't', 'c', 'c', 'a', 'g', 'g', 't', 'a', 'c', 't', 't', 'a', 'g', 'g', 't', 'c', 'c', 't', 'c', 't', 'g', 't', 'g', 'c', 'g', 'a', 'a', 't', 'c', 't', 'a', 't', 'g', 'c', 'g', 't', 't', 't', 'c', 'c', 'a', 'a', 'c', 'c', 'a', 't'], 
  ['a', 'g', 't', 'a', 'c', 't', 'g', 'g', 't', 'g', 't', 'a', 'c', 'a', 't', 't', 't', 'g', 'a', 't', 'c', 'c', 'a', 't', 'a', 'c', 'g', 't', 'a', 'c', 'a', 'c', 'c', 'g', 'g', 'c', 'a', 'a', 'c', 'c', 't', 'g', 'a', 'a', 'a', 'c', 'a', 'a', 'a', 'c', 'g', 'c', 't', 'c', 'a', 'g', 'a', 'a', 'c', 'c', 'a', 'g', 'a', 'a', 'g', 't', 'g', 'c']
]

现在它是否适合您的解决方案取决于您打算如何使用它，您的数据集有多大，性能和内存使用限制等，您的问题中都没有提到...

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