python-3.x - 如何使用python3收集所有链

Question

背景：

我正在做聚合物模拟。我试图用它networkx来计算系统中有多少条链。系统内部的分子等于节点，键等于节点之间的连接。

我试过的：

我用来networkx.chain_decompostion计算链条的数量。

import networkx as nx
info = nx.chain_decomposition(G)

问题：

我发现它只能找到闭环的链，例如A1-A2-A3-A1.

但是，仍然有很多连锁店没有关闭，比如A1-A2-A3.

有没有一种简单的方法来收集这两种类型的链条。谢谢！

标签： python-3.xnetworkx

Answer 1

功能chain_decomposition不是你想象的那样。从文档：

关于深度优先搜索树的图的链式分解是一组循环或路径，这些循环或路径源自树的一组基本循环 [...]

您可能正在寻找的是 function number_connected_components。有关详细信息，请参阅此链接。这假设每个连接的组件都是一个链，即图 G 中有几个不相交的子图，每个子图对应于一个（非分支）聚合物分子。如果不是这种情况（聚合物是支化的），那么我需要做一些更聪明的事情。例如，您可以计算离开节点（具有单键的原子）之间的所有最短路径。您可以通过检查节点的度数来找到叶子节点list(G.degree)（叶子的度数为 1），然后计算所有叶子对之间的最短路径all_shortest_paths。要找到环状分子，您可以chain_decomposition像以前一样使用。