linux - MPI 无法编译基准(未定义对“MPI_Type_extent”的引用)
问题描述
我在编译基准时遇到问题。
我如何编译:
使 MPI_HOME=/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2/
生成文件:
SRC_C = $(wildcard *.c)
OBJ_C = $(subst .c$,.o,$(SRC_C))
EXE_C = $(subst .c$,,$(SRC_C))
SRC_F = $(wildcard *.f)
OBJ_F = $(subst .f$,.o,$(SRC_F))
EXE_F = $(subst .f$,,$(SRC_F))
CFLAGS = -g
MPI_HOME=
CC=$(MPI_HOME)/bin/mpicc
F90=$(MPI_HOME)/bin/mpif90
all: all-c all-f
all-c: $(OBJ_C)
$(foreach t,$(EXE_C),$(CC) -o $(t) $(t).o -lm;)
$(OBJ_C): %.o: %.c
$(CC) -c $(CFLAGS) $< -o $@
$(EXE_C): $(OBJ_C)
$(CC) -o $* $@
all-f: $(OBJ_F)
$(foreach t,$(EXE_F),$(F90) -o $(t) $(t).o;)
$(OBJ_F): %.o: %.f
$(F90) -c $(CFLAGS) $< -o $@
$(EXE_F): $(OBJ_F)
$(F90) -o $* $@
clean:
@rm -f $(OBJ_F) $(OBJ_C) $(EXE_C) $(EXE_F)
运行makefile后
make MPI_HOME=/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2/
makefile doing this:
/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -c -g ctxalloc.c
-o ctxalloc.o
/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -c -g un_contiguous.c -o un_contiguous.o
/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -c -g allgather_fail.c -o allgather_fail.o
/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -o allgather_fail allgather_fail.o -lm;
/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -o un_contiguous un_contiguous.o -lm;
/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -o ctxalloc ctxalloc.o -lm;
输出:
un_contiguous.o:在函数 test_allgatherv 中:/mswg2/E2E/Regression_logs/BabyZeusCluster/MPI/4.5-0.0.9.0_OFED/hpc_tests/mpi/misc/un_contiguous.c:236:未定义对 MPI_Type_extent 的引用
我怎样才能解决这个问题?
解决方案
MPI_Type_extent()
很久以前,它已被弃用并从 MPI 标准中删除。
从 Open MPI 4 开始,默认情况下不再构建这些已删除的子例程。
您最好的选择是使您的代码现代化(并MPI_Type_get_extent()
改用.
如果这不是一个选项(例如,第 3 方仅二进制库正在使用它),那么您必须重新安装 Open MPI 和configure --with-mpi1-compatibility ...
. (您可能还想通知您的供应商,因为此解决方法可能会从 Open MPI 5 中删除)
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