时间戳

首页 > 解决方案 > h5py：如何重命名尺寸？

python - h5py：如何重命名尺寸？

问题描述

我创建了一个句柄为 fw 的新文件。

fw.create_dataset('grp1/varname',data=arr)

这些组是在此命令之前创建的。arr 是一个尺寸为 (2,3) 的 numpy 数组。文件创建成功。但是，尺寸被命名为 phony_0 和 phony_1。我如何将它们更改为 m 和 n ？

一般来说，如何在组中创建维度，然后将变量与它们关联？

我试过了，

fw['grp1/varname'].dims[0].label = 'm'

但这并没有达到预期的效果。

ncdump -h在创建的文件上显示：

group: grp1 {

        dimensions:
                phony_dim_0 = 2 ;
                phony_dim_1 = 3 ;

        variables:

                float varname(phony_dim_0, phony_dim_1) ;
                        string varname:DIMENSION_LABELS = "m", NIL, NIL ;
        } // group grp1

谢谢

print([ dim.label for dim in fw['grp1/varname'].dims]) 确实产生一致的输出。[你'，你'']

hdffile 似乎没有将维度与组相关联的规定。但是 varname 是一个变量。如何获得：

   variables:
            float varname(m, phony_dim_1) ;
                    string varname:DIMENSION_LABELS = "m", NIL ;
    } // group grp1

在 ncdump -h 或 h5dump 的输出中？我确实尝试了使用 h5dump 的不同选项。

谢谢。

标签： pythondimensionsh5py

解决方案

部分问题可能是您使用ncdump.

我可以制作一个简单的文件，并dims为数据集设置标签：

In [420]: import h5py
In [421]: f = h5py.File('testdim.h5','w')
In [422]: ds = f.create_dataset('grp1/varname', data = np.arange(10))
In [423]: ds
Out[423]: <HDF5 dataset "varname": shape (10,), type "<i8">

看dims属性：

In [424]: ds.dims
Out[424]: <Dimensions of HDF5 object at 140382697336904>
In [426]: ds.dims[0]
Out[426]: <"" dimension 0 of HDF5 dataset at 140382697336904>
In [427]: ds.dims[0].label
Out[427]: ''
In [428]: ds.dims[0].label = 'm'

In [436]: dd=ds.dims[0]
In [437]: dd?
Type:        DimensionProxy
String form: <"m" dimension 0 of HDF5 dataset at 140382697336904>
Length:      0
File:        ~/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/dims.py
Docstring:   Represents an HDF5 "dimension".
In [439]: dd.values()
Out[439]: []
In [440]: dd.label
Out[440]: 'm'

该组没有dims：

In [442]: g = f['grp1']
In [443]: g
Out[443]: <HDF5 group "/grp1" (1 members)>
In [444]: g.dims
AttributeError: 'Group' object has no attribute 'dims'

In [446]: f.flush()

与h5dump：

1902:~/mypy$ h5dump testdim.h5 
HDF5 "testdim.h5" {
GROUP "/" {
   GROUP "grp1" {
      DATASET "varname" {
         DATATYPE  H5T_STD_I64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 10 ) / ( 10 ) }
         DATA {
         (0): 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9
         }
         ATTRIBUTE "DIMENSION_LABELS" {
            DATATYPE  H5T_STRING {
               STRSIZE H5T_VARIABLE;
               STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
               CSET H5T_CSET_ASCII;
               CTYPE H5T_C_S1;
            }
            DATASPACE  SIMPLE { ( 1 ) / ( 1 ) }
            DATA {
            (0): "m"
            }
         }
      }
   }
}
}

使用ncdumpwhich 旨在显示netcdf文件：

1902:~/mypy$ ncdump -h testdim.h5 
netcdf testdim {

group: grp1 {
  dimensions:
    phony_dim_0 = 10 ;
  variables:
    int64 varname(phony_dim_0) ;
        string varname:DIMENSION_LABELS = "m" ;
  } // group grp1
}

尽我所能，h5df格式没有组尺寸；ncdump为此创建一个虚拟属性。

为了重申您之前问题的答案，HDF5 尺寸的文档是：

http://docs.h5py.org/en/latest/high/dims.html

https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/interoperability_hdf5.html

对于 HDF5 文件

如果不使用尺寸比例，netCDF-4 仍然可以编辑文件，并为每个可变形状发明匿名尺寸。

NETCDF 有共享维度，HDF5 有维度尺度。它们并不完全相同。

http://www.stcorp.nl/beat/documentation/harp/conventions/hdf5.html

在 HDF5 数据模型中，没有共享维度的概念（与 netCDF 不同）。HDF5 数据集的形状被指定为维度长度列表。但是，netCDF-4 库使用 HDF5 作为其存储后端。它使用 HDF5 尺寸比例表示共享尺寸。

推荐阅读