r - 让dendextend为我为叶子预设颜色的分支分配颜色
问题描述
给定手动分配的叶子组,我想设置树状图分支的颜色。所以我提前知道我想把叶子AC染成红色,所有只长出红色叶子的树枝也应该染成红色。
我可以使用“dendextend”包为我的树状图的分支着色。但是,我无法控制将哪种颜色分配给哪个集群 ID。dendrextend
将第一种颜色分配给它找到的第一个集群 ID,不管它是否是 ID 1。但是,我需要颜色为 1 的 ID 1,等等,因为我需要一个图例。
请参阅此示例。我想要一个树状图,它为标签和分支着色A
-C
红色,蓝色和D
-绿色。F
G
I
suppressPackageStartupMessages(library(dendextend))
library(dplyr)
set.seed(12346)
# Sample data:
# ------------
# l = Leaf labels | g = assigned color of leaf | x = value for clustering
dat <- tibble(l = LETTERS[1:9],
g = factor(rep(letters[1:3], each = 3)),
x = round(runif(9,0,10)))
# color_branches() need integer cluster IDs
dat$gi <- dat$g %>% as.integer()
# Color IDs of each group
dat %>% distinct(g, gi)
## # A tibble: 3 x 2
## g gi
## <fct> <int>
## 1 a 1
## 2 b 2
## 3 c 3
# ID 1 = red, ID 2 = blue, ID 3 = green
clucols <- c("red", "blue", "green")
# Clustering & Dendrogram
# -----------------------
dst <- dist(setNames(dat$x, dat$l))
den <- as.dendrogram(hclust(dst))
o <- order.dendrogram(den)
den <- den %>%
color_branches(col = clucols, clusters = dat$gi[o])
# Transfer branch colors to labels
labels_colors(den) <- get_leaves_branches_col(den)
plot(den)
# Legend
dat %>% distinct(g, gi) %>%
{legend("topright", legend = .$g, col = clucols[.$gi], lty = 1)}
结果:
叶子没有按我想要的顺序着色,而是按图上从左到右的簇位置
如果将set.seed(...)
行更改为set.seed(12345)
,您会看到着色似乎正确。但这是因为如果从左到右看,这些簇偶然以正确的顺序出现:
如何color_branches()
按集群 ID 分配颜色,而不是按哪个集群先分配颜色?
我尝试过的其他 SO 问题
Dendextend:关于如何根据定义的组为树状图的标签着色:这个问题是相关的,但它只针对着色标签。
颜色树状图基于外部标签向上分支,直到标签匹配。提出的答案
branches_attr_by_cluster
,我将其翻译成这样的示例:den <- den %>% branches_attr_by_clusters( values = clucols[dat$gi[o]], clusters = dat$gi[o], attr = "col")
然而,唉,结果是一样的
解决方案
一种解决方法是使用该函数branches_attr_by_labels
将颜色分别分配给每个组的分支。
在问题中替换此代码:
den <- den %>%
color_branches(col = clucols, clusters = dat$gi[o])
使用下面的代码。
您需要获得一个列表,其中包含每个组的每个元素。每个元素依次包含您要着色的标签和颜色本身。例如,您可以像这样得到它:
library(purrr)
colmap <- dat %>% group_by(g) %>% summarise(l = list(l)) %>% transpose()
colmap
## [[1]]
## [[1]]$g
## [1] 1
##
## [[1]]$l
## [1] "A" "B" "C"
##
##
## [[2]]
## [[2]]$g
## [1] 2
##
## [[2]]$l
## [1] "D" "E" "F"
##
##
## [[3]]
## [[3]]$g
## [1] 3
##
## [[3]]$l
## [1] "G" "H" "I"
然后,对于每个元素,应用branches_attr_by_labels
. 由于它需要一个树状图和一些变化的参数,并且还返回一个树状图,您可以使用purrr::reduce
or base::Reduce
:
den <- reduce(.x = colmap, .init = den, .f = function(d, m)
branches_attr_by_labels(d, m$l, clucols[m$g] ))
或者,稍长一点:
for(e in colmap){
den <- branches_attr_by_labels(den, e$l, clucols[e$g])
}
结果为set.seed(123456)
。对比上图: