cytoscape.js - cytoscape 显示沿动画路径的节点之间的流量

Question

我需要展示在节点之间沿着它们的连接路径移动的东西，类似于这个项目。我无法在 cytoscape 中找到它的任何示例，但我过去曾使用过 cytoscape，并且更喜欢继续使用它。我将不胜感激有关如何解决此问题的建议。

标签： cytoscape.js

Answer 1

你有几个选择...

1. 最简单的是 Marquee 视觉风格。它在有向边的方向上产生“行进的蚂蚁”错觉。只需到控制面板中的样式选项卡，然后选择“选取框”样式。在 EDGE 选项卡中，您可以从 3 种不同的选取框线类型中进行选择。例如，您可以想象将这 3 种线型映射到 3 种交通密度类别（或箱）。或者，您可以结合使用颜色、厚度和/或透明度以及选取框样式来表示交通密度。你可以在这里看到一个例子：

   • https://youtu.be/MF0zsxEPoPc?t=44

2. 还有一个动画应用程序！这采用在您提供的任何一组关键帧之间插入任何视觉样式（包括位置和存在）的方法。因此，例如，您将有一个开始和结束帧，然后 CyAnimator 将为您制作一个电影文件：

   • http://apps.cytoscape.org/apps/cyanimator

3. 还有另一种完全不同的方法：借助 Cytoscape 的脚本功能，您几乎可以为所欲为。例如，对 RCy3 包的单元测试，最终几乎是对潜在数据的迷幻显示（单元测试甚至没有完全覆盖，耻辱）。因此，您可以使用 R 或 Python 中的一些脚本来实时指导您自己的动画。这是 RCy3 单元测试演示和脚本库的链接：

   • https://www.youtube.com/watch?v=IXqbdlUnzUE&t=1s（注意：闪烁的图形）
   • https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html
   • https://py2cytoscape.readthedocs.io/en/latest/