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python - RSeQC clipping_profiles 上的 multiqc

问题描述

以下 snakemake 代码无法生成 multiqc 输出，尽管它适用于其他 RSeQC 工具，包括geneBody_coverage、junction_saturation 和 read_distribution（为清楚起见，在此处删除）

rule rseqc_cliping_profile:
    """
    Run RSeQC on merged bam files
    """
    input:
        bam = "results/mappings/{smp}_mappings.bam"
    output:
        pdf3 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R1.pdf",
        pdf4 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R2.pdf",
        xls = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.xls"
    shell: """
        mkdir -p intermediate/rseqc2
        # Run clipping_profile.py
        clipping_profile.py -i {input.bam} \
        -q 30 \
        -s PE \
        -o intermediate/rseqc2/{wildcards.smp} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R1.pdf {output.pdf3} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R2.pdf {output.pdf4} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.xls {output.xls}
        """

知道我做错了什么吗？

middle/rseqc2 中的结果属于那种（仅在此处为 S12）：

S12.clipping_profile.r
S12.clipping_profile.R1.pdf
S12.clipping_profile.R2.pdf
S12.clipping_profile.xls

multiqc -f -i "RSeQC" -o intermediate/multiqc_rseqc2 -n multiqc_rseqc2 intermediate/rseqc2

[INFO   ]         multiqc : This is MultiQC v1.6
[INFO   ]         multiqc : Template    : default
[INFO   ]         multiqc : Report title: RSeQC
[INFO   ]         multiqc : Searching 'intermediate/rseqc2'
[WARNING]         multiqc : No analysis results found. Cleaning up..
[INFO   ]         multiqc : MultiQC complete

这不是蛇制造问题！

虽然 clipping_profile 在我的 multiqc 配置 yaml 中，但似乎不适合找到用于绘图的 clipping_profile 数据。

xls 文件实际上是伪装的 tsv 文件；将它们重命名为 .txt 或 .tsv 并不会提高几率。

标签： pythonworkflowintegrationsnakemake

解决方案

关于 RSeQC 支持的 MultiQC 文档显示 MultiQC 不支持该特定工具 ( clipping_profile)，但它确实支持您提到的其他工具。

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