nextflow - 在 Nextflow 中,具有 channel.fromPath 的进程是否被并行化?
问题描述
我在 Nextflow 中有一个进程,其中包含来自 Channel.FromPath() 的多个输入文件。
这是我的脚本:
params.queries = ""
queries = Channel.fromPath(params.queries) #path to multiple .fasta files
process PsiBlast {
input:
file query from queries_psiblast
output:
file top_hits
"""
blastpgp -d $db -i $query -j 2 -C ff.chd.ckp -Q pssm.out >> top_hits
"""
}
#then there are others processes, not needed for my question.
我想知道我的进程是否并行化?例如,如果它同时在 2 个文件上运行?还是我需要在我的脚本中指定它?
我阅读了文档,但没有具体说明。而且我不知道如何测试。
解决方案
是的,Nextflow 进程是隐式并行化的,前提是有足够的 cpus/mem 来完成并行执行。
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