时间戳

首页 > 解决方案 > 为每个社区提取社区节点和其他节点之间的边列表

r - 为每个社区提取社区节点和其他节点之间的边列表

问题描述

假设我们有一个简单的加权网络，我们在其上执行某种社区检测。接下来我们提取特定的社区，最后的任务是提取该社区的节点与所有其他节点之间的所有边。

下面我粘贴了玩具代码。

# Create toy graph
library(igraph)
set.seed(12345)
g <- make_graph("Zachary")
# Add weights to edges
E(g)$weight <- sample(x = 1:10, size = ecount(g), replace = TRUE)
# Run community detection
cl <- cluster_louvain(g)

有 5 个节点属于社区 #1，12 个节点属于社区 #2，依此类推。

> table(membership(cl))
 1  2  3  4 
 5 12  2 15

现在我们提取社区#1：

g1 <- induced_subgraph(g, which(cl$membership == 1))

问题：如何找到将社区#1 中的节点与所有其他节点连接的边（不包括定义社区#1 的边）？

下面有一个与某些社区相关的答案

您首先要获取社区中的所有优势：

all_edges <- E(g)[inc(V(g)[membership(cl) == 1])]
all_edges
+ 10/78 edges:
 [1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11 5-- 7 5--11 6-- 7 6--11 6--17 7--17

然后，过滤掉那些完全是内部的（两个顶点都在社区中）：

all_edges_m <- get.edges(g, all_edges) #matrix representation

all_edges[!(
 all_edges_m[, 1] %in% V(g)[membership(cl) == 1] & 
   all_edges_m[, 2] %in% V(g)[membership(cl) == 1]
 )] # filter where in col1 and col2
+ 4/78 edges:
[1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11

但对我来说，有必要获取包含每个社区的这些节点的整个列表。不只是为了一个。有什么建议来创建这个循环吗？如果是的话那就太好了:)

标签： rcluster-analysisigraph

解决方案

这是我对您的问题的看法：

library(igraph) 
set.seed(12345)
g <- make_graph("Zachary")
E(g)$weight <- sample(x = 1:10, size = ecount(g), replace = TRUE)
cl <- cluster_louvain(g)

添加成员资格作为顶点属性

V(g)$name <- membership(cl)

获取边缘列表

x <- as_edgelist(g, names = T)

这里是连接不同社区顶点的所有边

V(g)$name <- 1:vcount(g)
E(g)[x[,1] != x[,2]]

可选检查

 E(g)$color <- ifelse(x[,1] != x[,2], "red", "blue")
 plot(g, edge.color = E(g)$color)
 plot(cl, g)

推荐阅读