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conda - snakemake：SGE 集群上未激活 conda 环境

问题描述

我在 SGE 集群上运行 snakemake，但在提交涉及激活 conda 环境的作业时遇到问题。作业开始，我收到消息“激活 conda 环境”。但随后他们继续运行，无所事事，也没有错误消息。

envs 在登录节点上被正确激活，所以我认为问题出在 qsub 上。我尝试按照这里的建议使用 -V 选项在 SGE 集群问题上使用 SnakeMake 中的 Conda 环境，但它似乎对我不起作用。

这是我用于提交的内容：

snakemake -j 2 --use-conda --cluster-config cluster.json --cluster "{cluster.qsub} -l virtual_free={cluster.ram},h_rt={cluster.time},disk={cluster.disk} -q {cluster.queue}" --keep-going --latency-wait 100

这些是我的 cluster.json 文件中的配置：

{
  "__default__" :
  {
  "qsub" : "qsub -cwd -V -o logs/{rule}.{wildcards}.$$.out -e logs/{rule}.{wildcards}.$$.out",
  "ram" : "4G",
  "time" : "01:00:00",
  "disk" : "2G",
  "queue" : "short-sl7"
  }
}

关键是当不需要环境激活时，提交的作业可以正常工作。

有人有什么建议吗？

标签： condaqsubsnakemake

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