r - 具有不同大小组的 tSNE - 减少数据集或设置困惑 = 最大组？

Question

用 tSNE 绘制蛋白质组数据集我遇到的问题是我有一个很大的健康组 (70)，每个基因型组 (3-8) 的样本很少。在这种情况下我应该如何设置困惑？还是将健康病例与患病病例分开会更好（它们在 PCA 和欧几里得分布中被清楚地分开）？

非常感谢！塞巴斯蒂安

支线任务：您会使用批量校正的数据还是未校正的数据进行可视化？对于 PCA，校正后的看起来好多了，但我想知道在 tSNE 中使用它是否会过拟合？

标签： rdimension