r - R：将单个矩阵列表作为输入传递给需要至少 2 个输入矩阵的函数

Question

我正在尝试使用 R mnnCorrect函数（来自 scran 包）。它需要至少 2 个输入矩阵才能工作。

# install package
source("https://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("scran")
# example matrix 1
B1 <- matrix(rnorm(10000), ncol=50)
# example matrix 2
B2 <- matrix(rnorm(10000), ncol=50)
# function below works fine
out <- mnnCorrect(B1, B2)

但是，我正在尝试将这些矩阵作为列表提供（更方便使用可变数量的矩阵自动处理过程）：

mat_list=list()
mat_list[["Mat1"]]=B1
mat_list[["Mat2"]]=B2
str(mat_list)
List of 2
 $ Mat1: num [1:200, 1:50] 1.107 -0.828 1.559 -1.353 0.667 ...
 $ Mat2: num [1:200, 1:50] -0.231 0.894 0.369 1.606 -1.346 ...

# This works fine
out <- mnnCorrect(mat_list$Mat1, mat_list$Mat2)

# These do not work
out <- mnnCorrect(mat_list)
Error in mnnCorrect(mat_list) : at least two batches must be specified

out <- mnnCorrect(cat(paste(gsub("^","mat_list$",names(mat_list)),collapse=", "))
Error in mnnCorrect(mat_list) : at least two batches must be specified

out <- mnnCorrect(capture.output(cat(paste(gsub("^","mat_list$",names(mat_list)),collapse=", ")))
Error in mnnCorrect(mat_list) : at least two batches must be specified

library(dplyr)
cat(paste(gsub("^","mat_list$",names(mat_list)),collapse=", ") %>% mnnCorrect(.)
mat_list$Mat1, mat_list$Mat2Error in mnnCorrect(.) : at least two batches must be specified

有没有办法做到这一点？

标签： rlistmatrix

Answer 1

在 R 中，您为此使用函数 do.call。这是一个例子：

do.call(mnnCorrect, mat_list)

另请参阅帮助页面 ?do.call 。