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r - 用 t 分数 (2.5 SD) 间隔绘制骨矿物质密度 (BMD) 曲线？

问题描述

对不起，如果这不是很好的问题，这是第一个问题。

目的：计算骨矿物质密度 T 分数（性别和年龄特定 BMD 值+/- 2.5 SD）。说一个病人是否骨质疏松。

我正在尝试使用 ggplot 2 和 geom_smooth 以图形方式执行此操作

我正在使用通过 nhanesA 包访问的 NHANES 数据集（ https://wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2013-2014/DXXFEM_H.htm#DXXINBMD ）。

r 加载程序：

library(nhanesA)
library(ggplot2)

我只对转子间骨密度、年龄和性别感兴趣。

r 加载数据：

nhanesTableVars('EXAM', "DXXFEM_D")
DXXFEM_D  <- nhanes('DXXFEM_D')
fem_d <- DXXFEM_D
demo_d <- nhanes('DEMO_D')
demo_d <- nhanesTranslate('DEMO_D', 'RIAGENDR', data=demo_d)
DXXFEM_D_vars  <- nhanesTableVars('EXAM', 'DXXFEM_D', namesonly=TRUE)
DXXFEM_D <- nhanesTranslate('DXXFEM_D', DXXFEM_D_vars, data=DXXFEM_D)
FEM_demo <- merge(demo_d, DXXFEM_D)
FEM_demo_1 <- FEM_demo[,c(5,6,55)]

然后我尝试了绘图，但“geom_smooth”中的级别参数不适用于 2.5 的级别。

r 用 SD 绘制 BMD：

ggplot(data = FEM_demo_1, aes(x = RIDAGEYR, y = DXXINBMD, group = RIAGENDR, color = RIAGENDR)) + 
  geom_smooth(se = TRUE, level = 2.5) + 
  scale_x_continuous(minor_breaks = seq(0,85,1), breaks = seq(0,85,5))

1) 理想情况下，我想要一个显示平均值的图，-1SD（指骨质减少）和-2SD，指骨质疏松症的截断值，可用于将 BMD 转化为临床标准。有没有办法做到这一点？

2) 无论如何要在数字上做到这一点？

谢谢

标签： rggplot2confidence-interval

解决方案

这是均值、-1SD 和 -2SD 的绘图代码。您可以根据自己的喜好添加样式。平均值和 SD 的计算是预先在数据框中完成的。

data <- aggregate(FEM_demo_1$DXXINBMD, by=list(FEM_demo_1$RIAGENDR, FEM_demo_1$RIDAGEYR), FUN=mean, na.rm=TRUE)
names(data) <- c("gender", "age", "mean")
data[,"sd"] <- aggregate(FEM_demo_1$DXXINBMD, by=list(FEM_demo_1$RIAGENDR, FEM_demo_1$RIDAGEYR), FUN=sd, na.rm=TRUE)[3]

ggplot(data=data, aes(x=age, group=gender))+
  geom_smooth(se = FALSE, aes(y=mean))+
  geom_smooth(se = FALSE, aes(y=mean-sd))+
  geom_smooth(se = FALSE, aes(y=mean-(2*sd)))

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