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r - 如何在 RStudio 中安装 R 包期间抑制更新加载的包窗口？

问题描述

如何禁用/抑制在包安装过程中不断出现的弹出窗口“更新加载的包” R？我很高兴将其设置为“否”，但我不知道如何使其工作（调查了install.packages()args 并进行了谷歌搜索，但没有发现）。

背景：我的目标是比较大量（2k）包的安装时间。我想在一夜之间循环，在每次迭代中：（1）我删除除base优先级包之外的所有包，（2）我测量特定包安装的时间。我必须没有弹出窗口（停止进程）来执行此操作。

sessionInfo当我启动 RStudio 时：

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS  10.14

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1 tools_3.5.1   
>

在此处输入图像描述

标签： r

解决方案

您应该考虑使用类似于以下内容的基准测试工具：

#!/bin/bash

# Create file of all installed packages

Rscript -e 'writeLines(unname(installed.packages()[,1]), "installed-pkgs.txt")'

# Iterate over the file, benchmarking package load 3x (consider bumping this up)

while read -r pkg; do

  echo -n "Benchmarking package [${pkg}]"

  for iter in {1..3}; do

    echo -n "."

    Rscript --vanilla \
      -e 'args <- commandArgs(TRUE)' \
      -e 'invisible(suppressPackageStartupMessages(xdf <- as.data.frame(as.list(system.time(library(args[1], character.only=TRUE), FALSE)))))' \
      -e 'xdf$pkg <- args[1]' \
      -e 'xdf$iter <- args[2]' \
      -e 'xdf$loaded_namespaces <- I(list(loadedNamespaces()))' \
      -e 'saveRDS(xdf, file.path("data", sprintf("%s-%s.rds", args[1], args[2])))' \
      "${pkg}" \
      "${iter}"

  done

  echo ""

done <installed-pkgs.txt

我创建了一个带有子目录的~/projects/pkgbench目录data并将 ^^ 放入~/projects/pkgbench. 有了它，你：

  • 每次运行都获得一个干净的（香草）R 会话
  • 每个迭代 3 次（如果你愿意，可以让它更高）
  • 每次迭代一个 RDS 文件
  • RDS 文件中后加载会话命名空间中的包数（包括名称）

当它运行时（从 macOS 机器上的非 RStudio 终端会话），您会获得进度（每次迭代一个点）：

$ ./pkgbench.sh
Benchmarking package [abind]...
Benchmarking package [acepack]...
Benchmarking package [AER]...
Benchmarking package [akima]...

然后你可以做类似的事情（我在几个 pkgs 之后就终止了基准测试）：

library(hrbrthemes) # github/gitlab
library(tidyverse)

map_df(
  list.files("~/projects/pkgbench/data", full.names = TRUE),
  readRDS
) %>% tbl_df() %>% print() -> bench_df
## # A tibble: 141 x 8
##    user.self sys.self elapsed user.child sys.child pkg     iter  loaded_namespaces
##        <dbl>    <dbl>   <dbl>      <dbl>     <dbl> <chr>   <chr> <list>           
##  1   0.00500 0.00100  0.00700         0.        0. abind   1     <chr [9]>        
##  2   0.00600 0.00100  0.00700         0.        0. abind   2     <chr [9]>        
##  3   0.00600 0.00100  0.00600         0.        0. abind   3     <chr [9]>        
##  4   0.00500 0.00100  0.00600         0.        0. acepack 1     <chr [9]>        
##  5   0.00600 0.001000 0.00800         0.        0. acepack 2     <chr [9]>        
##  6   0.00500 0.00100  0.00600         0.        0. acepack 3     <chr [9]>        
##  7   1.11    0.0770   1.19            0.        0. AER     1     <chr [36]>       
##  8   1.04    0.0670   1.11            0.        0. AER     2     <chr [36]>       
##  9   1.07    0.0720   1.15            0.        0. AER     3     <chr [36]>       
## 10   0.136   0.0110   0.147           0.        0. akima   1     <chr [12]>       
## # ... with 131 more rows

group_by(bench_df, pkg) %>% 
  summarise(
    med_elapsed = median(elapsed), 
    ns_ct = length(loaded_namespaces[[1]])
  ) -> bench_sum

ggplot(bench_sum, aes("elapsed", med_elapsed)) +
  geom_violin(fill = ft_cols$gray) +
  ggbeeswarm::geom_quasirandom(color = ft_cols$yellow) +
  geom_boxplot(color = "white", fill="#00000000", outlier.colour = NA) +
  theme_ft_rc(grid="Y")

在此处输入图像描述

ggplot(bench_sum, aes(ns_ct, med_elapsed)) +
  geom_point(color = ft_cols$yellow) +
  geom_smooth(color = ft_cols$peach) + # shld prbly use something better than loess
  theme_ft_rc(grid = "XY")

在此处输入图像描述

如果您要在一夜之间运行它，请确保禁用 macOS 可能对您执行的所有“睡眠/空闲”时间（例如禁用任何重量级屏幕保护程序，防止它使磁盘进入睡眠状态等）。

请注意，我禁止打印包启动消息。您可能想要capture.output()替代或进行比较，有无此。

library()还具有所有这些参数选项：

library(
  package, 
  help, 
  pos = 2, 
  lib.loc = NULL,
  character.only = FALSE, 
  logical.return = FALSE,
  warn.conflicts = TRUE, 
  quietly = FALSE,
  verbose = getOption("verbose")
)

您可能还想针对各种基准测试运行调整它们。

我还只查看了“用户对包负载的感觉”值的中位数。考虑检查system.time数据框中的所有值。

如果你的 Mac 在 CPU 核心方面足够强大并且你有一个快速的固态磁盘，你可以考虑使用带有这个工具的 GNUparallel来加快时间。如果你这样做并且对并发并行运行的数量相当保守，我肯定会在每个 pkg 使用超过 3 次迭代。

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