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python - 作为我提交给 Slurm 的一部分，如何激活特定的 Python 环境？

问题描述

我想在集群上运行一个脚本（SBATCH 文件）。

  1. 如何激活我的虚拟环境（path/to/env_name/bin/activate）。

  2. 我只需要将以下代码添加到 my_script.sh 文件吗？

    模块加载 python/2.7.14 源“/pathto/Python_directory/ENV2.7_new/bin/activate”

标签： pythonslurmsbatch

解决方案

您的意思是在提交给 Slurm 的过程中激活特定的 Python 环境？这是我添加到工作脚本中的内容，并且效果很好。请注意，我使用 Anaconda，默认情况下，它会在安装后将所需的路径添加到我的 .bashrc 脚本中。希望这可以帮助。

....
# define and create a unique scratch directory
SCRATCH_DIRECTORY=/global/work/${USER}/kelp/${SLURM_JOBID}
mkdir -p ${SCRATCH_DIRECTORY}
cd ${SCRATCH_DIRECTORY}

# Activate Anaconda work environment for OpenDrift
source /home/${USER}/.bashrc
source activate MyEnvironment 

# we execute the job and time it
time mpirun python slurmscript.py

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