image-processing - 推荐什么软件来自动化图像标注?
问题描述
我们在 Excel 中制作如下图像。原始图像被导入并定位在注释内通常正确的区域中,这些区域本身就是链接到范围的图像,其内容根据用户所做的选择而有所不同。
必须为每个图像手动调整每个注释的绝对位置和尺寸。样品名称的数量可以变化(最多 12 个样品通道)。左侧的大小阶梯也可能因所分析蛋白质的大小而异。
在所有内容都正确调整大小和对齐后,包含原始图像 + 注释的范围将被复制并保存为 jpg(然后将其导入 Access 数据库)。
尽管我们已经使用 VBA 自动化了其中的某些部分,但调整每个图像的过程(列宽、文本大小、大小阶梯的位置等)可能会变得非常乏味。当然,有一些软件可以使这个过程更有效率。我们的一名工作人员需要几个小时来调整和完成这些图像中的大约 10-20 张。
欢迎任何建议。
这个过程称为电泳。样品(在这种情况下是蛋白质)被加载到聚丙烯酰胺凝胶中(每个样品在其自己的“通道”中)并用电拉过凝胶。该过程按大小和电荷分离每个泳道中的所有蛋白质。
“阶梯”是各种已知大小的蛋白质的溶液。它用于确定其他泳道中蛋白质的大小。
左边的图像包含梯子中的大小范围(在本例中为 10、15、...150、200)。梯形图像中的每个“步骤”都与实验中梯形通道中出现的黑色条带对齐(在这种情况下,包含黑色条带的实际梯形通道不存在......它在对齐后被裁剪以改善图像的整体外观)。
右边的图像是蛋白质名称,并指向凝胶上特定蛋白质应该出现的位置。例如,蛋白质肌动蛋白应该在 42 千道尔顿左右出现。在该位置有一条突出的黑色条带这一事实很好地支持了该样本含有肌动蛋白的证据。
许多凝胶还会在顶部或底部描述样品源。因此,例如,如果泳道 1 中的样本来自小鼠肝细胞,则泳道 1 将被注释为“小鼠肝脏”。
原始图像在实验室中捕获并保存为 jpg。然后将该 jpg 文件手动直接复制到 Excel 工作表中,并在其中裁剪图像的无关部分。然后将裁剪的图像移动到包含注释(梯形图、蛋白质名称、样品名称)的工作表区域内。这些注释本身就是图像(链接到工作簿中随每个实验而变化的其他范围……每个实验的蛋白质名称、样品名称、梯形图类型可能不同)。这些注释图像在每种情况下都需要精细定位(如前所述),以与泳道和蛋白质大小对齐。一切都对齐后,它会保存为 jpg 并移至 Access。
我的问题是......是否已经有专门为此类任务设计的软件?正如 Excel 不是数据库程序一样,它也不是图像注释程序。我想知道是否有一个准备就绪的应用程序,该应用程序专门设计用于使用可能因图像而异的元素来注释图像。
当然,仍然需要在图像周围手动移动元素以使所有内容对齐(我不是在这里寻找奇迹)。我认为为此必须有比 Excel 更好的东西。
解决方案
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