r - QuasR 运行失败示例

Question

在 R Bioconductor 的 QuasR 包中，据报道：

运行“example(qCount)”时，get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) 出错：找不到对象“finalize_fileexp”。

这个问题是在我将“XVector”和“GenomicAlignments”更新到最新版本后出现的。我该如何解决这个问题？

当“XVector”版本为 0.20 而“GenomicAlignments”版本为 0.16 时，它运行良好

> example(qCount)

qCount> library(GenomicRanges)

qCount> library(Biostrings)

qCount> library(Rsamtools)

qCount> # copy example data to current working directory
qCount> file.copy(system.file(package="QuasR", "extdata"), ".",       recursive=TRUE)
[1] TRUE

qCount> # load genome sequence
qCount> genomeFile <- "extdata/hg19sub.fa"

qCount> gseq <- readDNAStringSet(genomeFile)

Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
object 'finalize_filexp' not found

标签： rbioconductor

Answer 1

通过更新 Biostrings 和 Rsamtools 解决了这个问题。