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bash - 使用更多时产生神秘的冒号字符串的 Slurm 工作

问题描述

我正在尝试在一组文件上运行一些生物信息学软件，但是当我使用 slurm 提交它时，该工具意外失败，显然是由于输入文件列表的传递不正确。如果我在命令行上运行它，它似乎可以工作。我在下面替换了一些玩具文件名，因为实际名称很长。该工具称为 rMATs，但该工具本身与我的问题无关。

我使用 .sbatch 文件从命令行将作业提交到集群，如下所示：

sbatch job.sbatch group1.txt group2.txt

其中两个文本文件包含逗号分隔的数据文件列表。在 .sbatch 文件中，我将变量传递给生物信息学工具，如下所示：

#!/bin/bash
#SBATCH --time=00:00:20
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH -o ./o.%j
#SBATCH --err ./e.%j
#SBATCH --account=owner-guest
#SBATCH --partition=server-guest

bioinfotool.py -arg1 `more group1.txt` -arg2 `more group2.txt`

我这样做是因为生物信息学工具显然无法直接解析文本文件。

但是，它仍然不起作用，我认为这是由于我使用了反引号和 more 命令。我尝试通过添加 echo 语句进行调试

echo `more group1.txt`

输出应该是

sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam

但是，实际输出是

:::::::::::::: group1.txt :::::::::::::: sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam

因此，在我看来，这个莫名其妙的逗号字符串 + 文件名 + 逗号字符串在传递给生物信息学工具之前被添加到我的文件列表中。

谷歌搜索诸如“逗号字符串”+ slurm之类的东西没有结果，所以我求助于发布我自己的问题。

这些逗号是从哪里来的？有没有更好的方法从 txt 文件中提取文件名字符串？

谢谢

编辑：使用 'cat' 而不是 'more' 可以解决问题。

标签： bashbioinformaticsslurm

解决方案

more是一个交互式程序，您看到的冒号很可能是冒号more用来表明它需要用户输入的。

如果您只想转储文件内容，cat您需要的是：。

bioinfotool.py -arg1 `cat group1.txt` -arg2 `cat group2.txt`

你也可以直接从终端运行它cat group1.txt，看看你得到了你所期望的。

请注意，在像 Bash 这样的 Bourne shell 中，您可以使用 `$(cat group1.txt) 而不是使用反引号，这允许嵌套和更多选项，但这在您的用例中并不重要。

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