snakemake - 使用 Snakemake 时如何修复“文件名太长”错误

Question

使用 Snakemake 时，我将变量的值存储为文件名的一部分（例如“processed/count_{project}.tsv”）。最近，我开始使用将许多协变量作为变量的 R 公式。现在我收到一个错误，因为文件名对于操作系统来说太长了。有没有其他人遇到过这个问题并有任何建议？是否有针对此问题的规范 Snakemake 方法？

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Answer 1

就个人而言，我认为将信息存储到文件名中不是一个好主意。相反，我会以表格或 yaml 格式创建一个临时文件，将相关文件链接到协变量或其他数据。然后在 R 中读取这个文件，或者提取相关信息。