python - （Numpy C API）迭代单个数组：NpyIter 与 for 循环（使用 PyArray

问题描述

我正在为 python 模块编写一些 C 扩展代码。我要写的函数是（在python中）

output = 1./(1. + input)

其中input是任何形状的 numpy 数组。

最初我使用的是NpyIter_MultiNew：

static PyObject *
helper_calc1(PyObject *self, PyObject *args){

    PyObject * input;
    PyObject * output = NULL;

    if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &input)){
        return NULL;
    }

    // -- input -----------------------------------------------
    PyArrayObject * in_arr;

    in_arr = (PyArrayObject *) PyArray_FROM_OTF(input, NPY_DOUBLE, NPY_ARRAY_IN_ARRAY);
    if (in_arr == NULL){
        goto fail;
    }

    // -- set up iterator -------------------------------------
    PyArrayObject * op[2];
    npy_uint32 op_flags[2];
    npy_uint32 flags;

    op[0] = in_arr;
    op_flags[0] = NPY_ITER_READONLY;

    op[1] = NULL;
    op_flags[1] = NPY_ITER_WRITEONLY | NPY_ITER_ALLOCATE;

    flags = NPY_ITER_EXTERNAL_LOOP | NPY_ITER_BUFFERED | NPY_ITER_GROWINNER;

    NpyIter * iter = NpyIter_MultiNew(2, op,
                            flags, NPY_KEEPORDER, NPY_NO_CASTING,
                            op_flags, NULL);

    if (iter == NULL){
        goto fail;
    };

    NpyIter_IterNextFunc * iternext = NpyIter_GetIterNext(iter, NULL);
    if (iternext == NULL){
        NpyIter_Deallocate(iter);
        goto fail;
    };

    // -- iterate ---------------------------------------------
    npy_intp count;
    char ** dataptr = NpyIter_GetDataPtrArray(iter);
    npy_intp * strideptr = NpyIter_GetInnerStrideArray(iter);
    npy_intp * innersizeptr = NpyIter_GetInnerLoopSizePtr(iter);

    do {
        count = *innersizeptr;

        while (count--){

            *(double *) dataptr[1] = 1. / (1. + *(double *)dataptr[0]);

            dataptr[0] += strideptr[0];
            dataptr[1] += strideptr[1];
        }

    } while (iternext(iter));

    output = NpyIter_GetOperandArray(iter)[1];

    if (NpyIter_Deallocate(iter) != NPY_SUCCEED){
        goto fail;
    }

    Py_DECREF(in_arr);

    return output;

    fail:
        Py_XDECREF(in_arr);
        Py_XDECREF(output);
        return NULL;
}

但是，由于这只是一个数组（即我不需要担心广播多个数组），有什么理由我不能自己使用循环和数组大小来迭代数据PyArray_DATA吗for？

static PyObject *
helper_calc2(PyObject *self, PyObject *args){

    PyObject * input;
    PyObject * output = NULL;

    if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", & in)){
        return NULL;
    }

    // -- input -----------------------------------------------
    PyArrayObject * in_arr;

    in_arr = (PyArrayObject *) PyArray_FROM_OTF(input, NPY_DOUBLE, NPY_ARRAY_IN_ARRAY);
    if (in_arr == NULL){
        Py_XDECREF(in_arr);
        return NULL;
    }

    int ndim = PyArray_NDIM(in_arr);
    npy_intp * shape = PyArray_DIMS(in_arr);
    int size = (int) PyArray_SIZE(in_arr);

    double * in_data = (double *) PyArray_DATA(in_arr);

    output =  PyArray_SimpleNew(ndim, shape, NPY_DOUBLE);
    double * out_data = (double *) PyArray_DATA((PyArrayObject *) output);

    for (int i = 0; i < size; i++){
        out_data[i] = 1. / (1. + in_data[i]);
    }

    Py_DECREF(in_arr);
    return output;

fail:
    Py_XDECREF(in_arr);
    Py_XDECREF(output);
    return NULL;
}

第二个版本运行速度更快，代码更短。

PyArray_DATA使用for循环而不是循环时我需要注意任何危险NpyIter_MultiNew吗？

从PyArray_DATA文档中：

如果您不能保证一个连续和/或对齐的数组，那么请确保您了解如何访问数组中的数据以避免内存和/或对齐问题。

但我相信这是由国旗PyArray_FROM_OTF处理的。NPY_ARRAY_IN_ARRAY

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python - （Numpy C API）迭代单个数组：NpyIter 与 for 循环（使用 PyArray_DATA）

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