linux - for, do, done 在 linux 中将 txt 转换为 biom 格式

Question

我有一个包含许多文件的文件夹txt，我想应用for do do循环将它们从文件转换txt为biom文件，以下是我所做的：

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o *.biom --to-hdf5
done

但我得到了一个组合的 biom 文件。

如何修改上面的代码，将多个 txt 文件更改为 biom 文件，而不更改原始文件名？

喜欢：test.txt到test.biom

标签： linuxfor-loopbiom

Answer 1

以下应该可以解决问题（假设文件名中现在有空格）：

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o  ${txt%.txt}.biom --to-hdf5
done

bash 替换${txt%.txt}删除.txt了变量，我们.biom在最后添加。