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python - 在 pandas groupby 中取不同大小的组之间的差异

问题描述

我需要计算数据中连续时间组之间的差异，如下所示

from io import StringIO

import pandas as pd

strio = StringIO("""\
               date  feat1         feat2  value
2016-10-15T00:00:00      1             1    0.0
2016-10-15T00:00:00      1             2    1.0
2016-10-15T00:00:00      2             1    2.0
2016-10-15T00:00:00      2             2    3.0
2016-10-15T00:01:00      1             1    8.0
2016-10-15T00:01:00      1             2    5.0
2016-10-15T00:02:00      1             1    8.0
2016-10-15T00:02:00      1             2   12.0
2016-10-15T00:02:00      2             1   10.0
2016-10-15T00:02:00      2             2   11.0
2016-10-15T00:03:00      1             1   12.0
2016-10-15T00:03:00      1             2   13.0
2016-10-15T00:03:00      2             1   14.0
2016-10-15T00:03:00      2             2   15.0""")

我可以使用xarray库来做到这一点

df = pd.read_table(strio, sep='\s+')
dims = df.columns.values[:3].tolist()
df.set_index(dims, inplace=True) # needed to convert to xarray dataset
dataset = df.to_xarray()
diff_time = dataset.diff(dim=dims[0]) # take the diff in time
print(diff_time.to_dataframe().reset_index())

印刷

                   date  feat1  feat2  value
0   2016-10-15T00:01:00      1      1    8.0
1   2016-10-15T00:01:00      1      2    4.0
2   2016-10-15T00:01:00      2      1    NaN
3   2016-10-15T00:01:00      2      2    NaN
4   2016-10-15T00:02:00      1      1    0.0
5   2016-10-15T00:02:00      1      2    7.0
6   2016-10-15T00:02:00      2      1    NaN
7   2016-10-15T00:02:00      2      2    NaN
8   2016-10-15T00:03:00      1      1    4.0
9   2016-10-15T00:03:00      1      2    1.0
10  2016-10-15T00:03:00      2      1    4.0
11  2016-10-15T00:03:00      2      2    4.0

所以在瞬间 2016-10-15T00:01:00 我有 feat1:2 缺少相关的差异是 nan

如何以矢量化的方式在纯熊猫中做到这一点？使用 nan 填充构建原始数据框（因此组大小相同）是一种选择，但应避免

一个笨拙的方法是：

dfs = []
for k, v in zip(itertools.islice(df.groupby(level=0).groups.values(), 1, None),
                df.groupby(level=0).groups.values()):
    # print(df.loc(axis=0)[k.values] , df.loc(axis=0)[v.values])
    diff = df.loc(axis=0)[k.values].reset_index(level=0, drop=True) - \
           df.loc(axis=0)[v.values].reset_index(level=0, drop=True)
    diff = pd.concat([diff], keys=[k.values[0][0]], names=['date'])
    dfs.append(diff)
print(pd.concat(dfs).reset_index())

它确实打印相同的输出，但它不是矢量化的

标签： pythonpandaspandas-groupbypython-xarray

解决方案

更新的解决方案：

df.unstack(0)['value']\
  .diff(axis=1)\
  .dropna(how='all', axis=1)\
  .unstack([0,1])\
  .rename('value')\
  .reset_index()

输出：

                   date  feat1  feat2  value
0   2016-10-15T00:01:00      1      1    8.0
1   2016-10-15T00:01:00      1      2    4.0
2   2016-10-15T00:01:00      2      1    NaN
3   2016-10-15T00:01:00      2      2    NaN
4   2016-10-15T00:02:00      1      1    0.0
5   2016-10-15T00:02:00      1      2    7.0
6   2016-10-15T00:02:00      2      1    NaN
7   2016-10-15T00:02:00      2      2    NaN
8   2016-10-15T00:03:00      1      1    4.0
9   2016-10-15T00:03:00      1      2    1.0
10  2016-10-15T00:03:00      2      1    4.0
11  2016-10-15T00:03:00      2      2    4.0

细节：

创建一个三级MultiIndex后，首先让我们unstack level 0，date，它将日期从行移动到列，然后在列上使用diff，最后使用dropna删除第一个日期，其中整个列是nan，unstack feat1和feat2重新创建多索引并转换回数据框。

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