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arrays - 在 for 循环中扩展数组（文件列表）

问题描述

使用 for 循环对文件进行交互时遇到问题。为简单起见，我创建了一个小循环来解释我目前遇到的问题。

起点：文件夹中的文件，在其文件名的定义位置具有文件特定的一到三位数字。

目标：使用 for 循环遍历其中一些文件（不是全部）。

问题：我创建了一个数组，其中包含每个文件特定的一到三位数字。这些文件在 for 循环的开头被调用，我想使用数组来引用特定文件。但是：数组没有正确扩展。

希望有人能帮忙！（可能有几种很好的替代方法可以做到这一点。也许其中一些不需要数组，但我有兴趣了解我的具体问题的解决方案，因为我认为这可能是对如何扩展变量的根本误解作为 for 循环开头的文件名的一部分。）

这是代码：

declare -a SOME_SAMPLES=(37 132 253 642 242 42)

for d in prmrp_*_${SOME_SAMPLES[@]}_S*_L00?_R1_001.fastq.gz; do

    INPUT_FILE1=$(echo $d | sed 's/_L00._R1_001.fastq.gz//')
    echo ${INPUT_FILE1}

done

同样，这只是一个示例代码。问题是${SOME_SAMPLES[@]}没有正确扩展的部分，因此循环失败。

谢谢！

标签： arraysbashfor-loop

解决方案

我认为问题在于

prmrp_*_${SOME_SAMPLES[@]}_S*_L00?_R1_001.fastq.gz

它不会为数组的每个元素复制整个表达式，它只是在中间盲目地插入数组的元素，相当于：

prmrp_*_37 132 253 642 242 42_S*_L00?_R1_001.fastq.gz

...这是一堆单独的项目（prmrp_*_37作为通配符表达式，后跟132作为简单字符串，然后是253等）。AIUI 你要扩展数组的内容，然后对每个元素使用通配符表达式来获取所有匹配的文件。最好的方法是使用两个循环，一个用于扩展数组，另一个用于查找匹配的文件：

for sample in "${SOME_SAMPLES[@]}"; do
    for d in prmrp_*_"${sample}"_S*_L00?_R1_001.fastq.gz; do
        ...

顺便说一句，我还建议使用小写或混合大小写的变量名称（例如sample上面），以避免与许多具有特殊含义/功能的全大写变量可能发生冲突。另外，我会使用参数扩展来删除文件名的后缀（而不是sed）：

input_file1=${d%_L00?_R1_001.fastq.gz}

此外，您通常应该在变量引用周围加上双引号（例如echo "${input_file1}"，而不是echo ${input_file1}）。（像这样的赋值input_file1=${d...是一个例外，尽管双引号在那里并没有什么坏处；它们只是不需要。）请注意，在上面的for循环中，我在数组和变量引用周围加上了双引号，而不是在通配符周围；这意味着 shell 将扩展通配符（如您所愿）但不会弄乱变量的内容。

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