r - 扭矩集群上 R Bioconductor SVA 包的 ComBat() 函数的 OpenBLAS 问题

Question

我对R 中 Bioconductor的SVA包中的ComBat() 函数有疑问。

在我的笔记本电脑（运行 Linux Ubuntu 18 操作系统的 Latitude 5590）上，它运行良好。但如果我在 TORQUE 集群上运行它，对 ComBat() 函数的调用会生成一个无限等待循环：

"ComBat()" 找到25个批次

注：一批只有一个样本，设置mean.only=TRUE

调整0协变量或协变量水平

跨基因标准化数据

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725 当前，903725 最大值

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725 当前，903725 最大值

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725 当前，903725 最大值

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725 当前，903725 最大值

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725 当前，903725 最大值

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

你知道我该如何解决吗？

我在网上查了一下，有些人已经遇到了这个问题，这与Python有关。这对我来说听起来很奇怪：如果这是一个 Python 问题，为什么它会出现在 R 中？

谢谢

标签： rbioconductoropenblas

Answer 1

我的一位同事（在 StackOverflow 之外）帮助我并找到了解决方案。

我需要在我的 R 脚本中插入这个命令：

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

就是这样。