r - Pheatmap 缩放创建空行（缺失值）

Question

我有一个包含基因表达值的矩阵，并想在热图中绘制它。但是，当我使用缩放选项时，scale = "row"热图中会出现一些空白（灰色）行。因此，pheatmap 不允许任何基于行的聚类。当我在没有缩放的情况下绘制绘图时，没有空行。

我怀疑这可能是由于某些行中的低变异和低表达，但表达式数据集中没有缺失值。

p <- pheatmap(expression_matrix, 
         show_rownames=F, 
         show_colnames = T,
         clustering_distance_rows = "manhattan",
         cluster_cols=F,
         cluster_rows=F,
         annotation_col=df,
         annotation_colors = my_colors, 
         scale = "row")

我正在寻找为什么会发生这种情况的解释以及避免它的解决方案。

缩放前的绘图：

缩放后的绘图：

标签： rpheatmap