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scala - Spark缓存RDD计算n次

问题描述

我遇到了 Spark 应用程序的问题。这是我的代码的简化版本：

def main(args: Array[String]) {
    // Initializing spark context
    val sc = new SparkContext()
    val nbExecutors = sc.getConf.getInt("spark.executor.instances", 3)
    System.setProperty("spark.sql.shuffle.partitions", nbExecutors.toString)

    // Getting files from TGZ archives
    val archivesRDD: RDD[(String,PortableDataStream)] = utils.getFilesFromHDFSDirectory("/my/dir/*.tar.gz") // This returns an RDD of tuples containing (filename, inpustream)
    val filesRDD: RDD[String] = archivesRDD.flatMap(tgzStream => {
        logger.debug("Getting files from archive : "+tgzStream._1)
        utils.getFilesFromTgzStream(tgzStream._2)
    })

    // We run the same process with 3 different "modes"
    val modes = Seq("mode1", "mode2", "mode3")

    // We cache the RDD before
    val nb = filesRDD.cache().count()
    logger.debug($nb + " files as input")

    modes.map(mode => {
        logger.debug("Processing files with mode : " + mode)
        myProcessor.process(mode, filesRDD)
    })

    filesRDD.unpersist() // I tried with or without this

    [...]
}

生成的日志是（例如以 3 个档案作为输入）：

从存档中获取文件：a

从存档中获取文件：b

从存档中获取文件：c

3个文件作为输入

使用模式处理文件：mode1

从存档中获取文件：a

从存档中获取文件：b

从存档中获取文件：c

使用模式处理文件：mode2

从存档中获取文件：a

从存档中获取文件：b

从存档中获取文件：c

使用模式处理文件：mode3

从存档中获取文件：a

从存档中获取文件：b

从存档中获取文件：c

我的 Spark 配置：

我从这些日志中了解到，文件提取执行了 4 次插入！这显然导致我出现堆空间问题和性能泄漏......

难道我做错了什么 ？

编辑：我也尝试使用modes.foreach(...)而不是地图，但没有任何改变......

标签： scalaperformanceapache-sparkhadoop-yarn

解决方案

好的，经过大量测试，我终于解决了这个问题。实际上有两个问题：

  1. 我低估了输入数据的大小：如果 RDD 太大而无法完全存储在总内存的 60% 中，Sparkcache或函数效率低下，我知道但认为我的输入数据不是那么大，但实际上我的 RDD 是persist80GB。但是我 60% 的内存（即 160GB）仍然超过 80GB，那么发生了什么？回答第 2 题...

  2. 我的分区太大：在我的代码中，我的 RDD 的分区数设置为 100，所以我有 100 个分区，每个 1.6GB。问题是我的数据是由几十个兆的字符串组成的，所以我的分区没有满，10GB 的已用内存实际上只包含 7 或 8GB 的​​真实数据。

为了解决这些问题，我不得不使用persist(StorageLevel.MEMORY_SER)增加计算时间但显着减少内存使用（根据this benchmark）并将分区号设置为1000（根据Spark文档推荐~128MB的分区）

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