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python - 在 Python Jupyter notebook 中使用 rpy2 安装 Bioconductor 包

问题描述

我正在尝试在 Python Jupyter 笔记本中使用 rpy2 从 Bioconductor 安装“pcaMethods”。

这是我尝试过的

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('mice') # all of this works
base = importr('base')
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work

# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")

这是我尝试安装时遇到的错误pcaMethods：

Error in if (answer %in% allowed) break : argument is of length zero

有人知道我在做什么错吗？

标签： pythonjupyter-notebookbioconductor

解决方案

这个介绍来自这个SO question：

“参数长度为零”是一个非常具体的问题，它来自我最不喜欢的 R 元素之一。让我来演示一下这个问题：

> FALSE == "turnip"
[1] FALSE
> TRUE == "turnip"
[1] FALSE
> NA == "turnip"
[1] NA
> NULL == "turnip"
logical(0)

如您所见，与 NULL 的比较不仅不会产生布尔值，它们根本不会产生值 - 并且控制流倾向于期望检查会产生某种输出。当它们产生零长度输出时......“参数长度为零”。

从这里开始，您的其中一条线似乎引起了这种行为。我想交互式 R 的库路径与 rpy 使用的 R 的库路径有些不同，这与您的情况不匹配。

同样重要的是要注意，在第一次执行代码期间，您应该只执行一次安装过程：

base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work

稍后你只需要加载包

# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")

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