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c++ - 包内的 Rcpp omp_set_num_threads

问题描述

我使用 Rcpp 和 OpenMP 编写了以下简单示例，当我从 RStudio 获取 cpp 文件时，它可以正常工作：

#include <Rcpp.h>
#include <omp.h>

// [[Rcpp::plugins(openmp)]]

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix my_matrix(int I, int J, int nthreads) {
  NumericMatrix A(I,J);
  int i,j,tid;
  omp_set_num_threads(nthreads);
#pragma omp parallel for private(i, j, tid)
  for(int i = 0; i < I; i++) {
    for(int j = 0; j < J; j++) {
      tid = omp_get_thread_num();
      A(i,j) = tid ;
    }
  }

  return A;
}


/*** R
set.seed(42)
  my_matrix(10,10,5)
*/
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
 [1,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [2,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [3,]    1    1    1    1    1    1    1    1    1     1
 [4,]    1    1    1    1    1    1    1    1    1     1
 [5,]    2    2    2    2    2    2    2    2    2     2
 [6,]    2    2    2    2    2    2    2    2    2     2
 [7,]    3    3    3    3    3    3    3    3    3     3
 [8,]    3    3    3    3    3    3    3    3    3     3
 [9,]    4    4    4    4    4    4    4    4    4     4
[10,]    4    4    4    4    4    4    4    4    4     4

但是，如果我创建一个包，相同的代码将无法按预期工作：

> rcpphello::my_matrix(10,10,5)
      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
 [1,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [2,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [3,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [4,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [5,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [6,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [7,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [8,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
 [9,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0
[10,]    0    0    0    0    0    0    0    0    0     0

如果我从包中调用相同的代码，为什么只使用一个线程？如果有帮助，我将所有代码推送到这个 github repo

标签： c++rcpp

解决方案

添加到src/Makevars和src/Makevars.win：

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)

这将启用-fopenmp标志。否则，您最终不会在您的包中启用 OpenMP。

注意：使用时：

// [[Rcpp::plugins(openmp)]]

这仅在使用 运行时设置-fopenmp参数。此选项不会转移到包中。因此，我们必须在和中建立设置。sourceCpp()MakevarsMakevars.win

可以在这里找到一个简短的示例：

https://github.com/r-pkg-examples/rcpp-and-openmp

不过，我需要稍微清理一下。

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