r - 如何制作绘图以比较 rpkm 值

Question

我在分析 RNA-Seq 数据方面有相当多的经验，但我正在寻找新的方法来可视化数据。我通常使用热图和火山图，但我想制作这个来自这篇论文的图。在进行 DEG 分析之前，我可以使用 rlog 转换数据制作这种类型的图，但我想根据统计上显着的表达差异对点进行着色。

我在网上搜索并没有找到创建这个情节的好方法。提前感谢您的任何建议。

标签： rplotscatter-plot

Answer 1

这个问题更多是关于生物信息学的，所以你最好把它贴在 biostar 上。

在任何情况下，也许您可​​以使用包“ggscatter”或“ggplot2”绘制散点图，并使用 if else 语句为具有统计意义的基因着色。请提供您的数据样本。