bioinformatics - 使用 Cutadapt 实现配对末端读取的自动化

Question

我正在尝试使用 cutadapt 自动化我的双端读取，但我一直遇到同样的问题 - 适配器是从正向读取中修剪出来的，而不是从反向读取中修剪出来的。即使根据文档修改代码后，问题仍然存在。如果我只单独修剪正向或反向，它可以工作，但不能作为双端工作。

这是我的代码：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz | cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA --interleaved -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz -'

有没有人有关于如何修改此代码以使其工作的提示？我究竟做错了什么？

标签： bioinformatics

Answer 1

仔细检查cutadapt文档，有一个关于配对末端对齐的特定章节。您正在寻找-A.

你也把参数搞砸了--interleaved：如果读取是交错的，你为什么要给两端？我不确定您要实现什么目标，但我敢打赌您有额外的cutadapt调用。

我猜你正在尝试类似的东西：

cat ids.txt | parallel 'cutadapt -j 24 -a AGATCGGAA -A <proper_adaptor> -o {}clipped_R1.fq.gz -p {}clipped_R2.fq.gz {}_R1.fq.gz {}_R2.fq.gz'