snakemake - snakemake + 奇点，摆脱python依赖

Question

我有一个有点奇怪的问题：考虑容器化工作流的情况，其中整个工作流使用单个奇异容器执行。这仍然需要系统上可以使用 python 来调用snakemake --use-singularity，对吗？我怎样才能摆脱这种依赖呢？我可以在我的容器中安装 python、snakemake 和奇异性并执行吗

singularity exec my-container snakemake --use-singularity

这与集群配置一起使用是否安全？

编辑：似乎根本不起作用 - 我无法让具有奇异性的蛇形在另一个容器中工作......

标签： snakemakesingularity-container