bioinformatics - plot-Bamtools：命令在哪里？

Question

我想可视化我的 bam 文件统计信息，并被告知（没有说明）使用 plot-bamstats。我用 conda 下载了 bamstats 并试图找到手册或帮助，但它一直告诉我 bamstats 不是命令。我在谷歌上搜索了 plot-bamstats 并找到了 Github 页面和另一个告诉您如何将 bamtools 安装为 java 的站点。我没有找到任何关于如何运行简单绘图的基本选项或描述，文档让我相当无能。我的直觉是写：

plot-bamstats sortedbamfilename.bam 

或者bamstats optionforplot sortedbamfilename.bam

有一些介于两者之间的选择？我只是没有找到任何可以修改以满足我需要的代码示例。

标签： bioinformatics

Answer 1

plot-bamstats在samtools中有一个。如果这是您需要的，您可以使用 conda 安装它并使用以下命令执行它：

conda install -c bioconda samtools gnuplot
samtools stats sortedbamfilename.bam > sortedbamfilename.stats
plot-bamstats -p my_output sortedbamfilename.stats

考虑在专用环境中安装软件包，而不是默认环境，例如：

conda create -n my_env
conda activate my_env
conda install -c bioconda samtools