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python - Python dendrogram 必须有 ak 使得 (k \choose 2)=n)

问题描述

我试图在 Python 中制作一个树状图，它采用一些数据的中值，然后允许我计算中值之间的欧几里得距离。我的一些数据最终为负值，所以我必须得到绝对值并抵消所有中位数。

如果我只有 3 个值要比较，它似乎工作正常，但由于某种原因，如果我有 4 个或 5 个值，它会给我一个错误“必须有 ak 使得 (k \choose 2)=n)”但是如果我有 6 个值，它只给了我最后 4 个值的树状图。

我正在使用 Python 3.7.1，有人知道是否存在某种错误吗？因为我无法理解我的代码适用于 3 个值，不适用于 4 或 5 个值，如果我有 6 个值，则给我最后 4 个值的树状图。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.cluster.hierarchy as shc

#Calculate the median values of each group & make an array
a=10
b=-2
c=5
d=2.1
data = np.array([a,b,c,d])

#Find the lowest value because you can't make a dendrogram with a negative number
low = np.min(data)

#Offset data by the absolute of the lowest value +1, cause a 0 value won't work on a dendrogram
offset = abs(low) + 1
offset_array = []

# v = value, add offset to all values & save as an array
for v in data:
    offset_array.append(v+offset)

#Make an array of the offset values to calculate distances
cluster = np.array(offset_array)

# Labels for each value
#headings = ['a', 'b', 'c', 'd']

df = np.array(cluster)

#Size of figure (x, y)
plt.figure(figsize=(5, 5))
ax = plt.subplot()
#Change x axis range as required
dt = 0.01
ax.semilogx(dt, np.exp(dt))
plt.title('Gram positive distance')
plt.xlabel('Euclidean distance')

dend = shc.dendrogram(shc.linkage(df, metric='euclidean'),
                      orientation='left', leaf_font_size=8, labels=headings)

标签： pythondendrogram

解决方案

我认为问题出在链接功能上。对于链接函数：“可以将 n 维中的 m 个观察向量的集合作为 m × n 数组传递。”

所以我通过重塑你的 df 数组创建了一个新的测试变量：

测试 = df.reshape(len(df),1)

然后将这个新变量传递给您的树状图函数：

dend = shc.dendrogram(shc.linkage(test, metric='euclidean'),orientation='left',leaf_font_size=8,labels=headings)

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