r - 如何从 R 中 PCA 的 ggbiplot 中删除不重要的箭头？

Question

所以，我试图ggbiplot在昼夜猛禽的饮食中创建一个猎物顺序的 PCA，但问题是该ggbiplot函数会自动为每个顺序创建箭头。只有大约 8 个订单对我的研究很重要（即，PC1 和 PC2 中的值大于或等于 0.1）。

这是现在的ggbiplot样子：

我还能够使用该var.axes = FALSE函数成功删除所有箭头以获取此图：

但问题是，无论从哪一个图中，我都不确定如何只删除一部分箭头，这样我就可以保留我需要的 8 个箭头，或者在我删除所有箭头后从头开始将这 8 个添加回图中的箭头。

编辑：我希望所有 38 个订单的 PC 值仍被计入图中，我只想删除不必要的箭头，直到只剩下 8 个。

可重现的例子：

#load iris data
iris$Species = NULL # (to run the PCA)
iris_pca = prcomp(iris)
ggbiplot(iris_pca) + theme_classic()

所以，假设我不想包含 Sepal.Width 或 Petal.Width 的箭头。我将如何删除这些并保留另外两个？

标签： rpcaggbiplot

Answer 1

看这里的代码，好像不行。如下所示，您可以在其中更改生成的ggplot2对象。

# Load library
library(ggbiplot)
#> Loading required package: ggplot2
#> Loading required package: plyr
#> Loading required package: scales
#> Loading required package: grid

# Remove species
iris$Species <- NULL

# Perform PCA
iris_pca <-  prcomp(iris) 

# Create ggbiplot
g <- ggbiplot(iris_pca) + theme_classic()

# Before plot
plot(g)

# Get ggplot2 object
g <- ggplot_build(g)

# Remove unwanted arrows & labels, say, Petal.Length Petal.Width
g$data[[1]] <- g$data[[1]][-(3:4), ]
g$data[[3]] <- g$data[[3]][-(3:4), ]

# Repackage & plot
plot(ggplot_gtable(g))

^{由reprex 包（v0.2.1）于 2019 年 3 月 1 日创建}