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r - 绘制二部图的分区比绘制整个图需要更多的时间

问题描述

在我的代码中，绘制整个二部图比单独绘制一个投影所需的时间要少得多（当然，它的节点比二部图少，因为它只是二部图的一部分）。怎么会这样？

这是代码：

rm(list=ls())
library(igraph)
library(tictoc)
nodes <- read.csv("./ma_nodes.csv", header=T, as.is=T)
links <- read.csv("./ma_edges.csv", header=T, as.is=T)
nodes$type <- as.logical(nodes$IsInvestor)
net <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=T)
net.bp <- bipartite_projection(net, multiplicity=F)
net.prj1 = net.bp$proj1
net.prj2 = net.bp$proj2

tic("Plotting bibpartite net")
plot(net)
toc()

tic("Plotting prj2")
plot(net.prj2)
toc()

tic("Plotting prj1")
plot(net.prj1)
toc()

结果如下：

Plotting bibpartite net: 5.04 sec elapsed
Plotting prj2: 0.21 sec elapsed
Plotting prj1: 77.9 sec elapsed

另请注意，使用 Sys.time() 测量时间（并取不同的结束时间 - 开始时间），不会捕获此效果。但事实并非如此：绘制最后一张图比绘制其他两张图需要更多时间。这是 sys.time() 的问题，它无法捕获（但可能是另一个问题）

这里发生了什么？

标签： rplotigraphgraph-theory

解决方案

我认为这作为评论会更好。但我没有必要的声誉。因此，我将更详细地回答您的问题。

你没有提供样品。所以我只能做一个假设。与二分网络相比，您的投影很可能具有更多的边缘。根据您的特定网络，这可能会大大增加创建情节的时间。

来自具有 500 条边的无向网络的二分投影将产生 124750 条（或 n*(n-1)/2）条边。

library(igraph)
library(tictoc)

g <- data.frame(c(1:500), "A")
g <- graph_from_data_frame(g)
V(g)$type <- bipartite_mapping(g)$type
bp <- bipartite_projection(g)

gsize(g)
500

gsize(bp$proj1)
124750

绘图时间将增加 8.5 秒（2015 年的 MacBook Pro，配备 Intel i7 和 16 GB RAM）：

tic("Plotting bibpartite net")
plot(g)
toc()
Plotting bibpartite net: 1.194 sec elapsed

tic("Plotting projected net")
plot(bp$proj1)
toc()
Plotting projected net: 9.621 sec elapsed

问题在于，投影网络中的联系数量呈指数增长，创建图的时间也呈指数增长。

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