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php - 使用 PHP 解析 fasta 文件

问题描述

我有一个 fasta 文件input.fa，如下所示：

>KJH325_Org_name_strain
ANNTTHWQLPMCVREEDFSC
>IJA254.1_Org_name
HITYYPQLKSSCMART
>ASDL658_Org_name_str
TTILPQWYERSAASMNCFGHDKLCC
and so on.

我想使用 PHP 将这些短序列输入到 Mysql 表中，这样KJH325（即，第一个下划线“_”之后的 ID）进入 ID 列，其余Org_name or Org_name_strain进入 orgname 列，下一行中的短序列进入进入序列列。我试过这个：

<?php
$servername = "localhost";
$dbname = "shortseqdb";

// Create connection
$conn = mysqli_connect($servername, $dbname);

// Check connection
if (!$conn) {
    die("Connection failed: " . mysqli_connect_error());
}
echo "Connected successfully\n\n";

$fasta_file = 'input.fa';
$header='';
$id = '';
$org_name = '';

$lines = file($fasta_file) or die("Unable to open file!");

foreach ($lines as $line) {
   $header = strpos($line, '>'); <---- UPDATED
   if ($header!==false) {
      $key = trim(substr($line, 0, $header));
      $value = trim(substr($line, $header+1));
        list($id, $org_name) = explode("_",$key);


            $sql = "INSERT INTO `seqs` (`ID`, `org_name`, `sequence`) VALUES ($id, $org_name, $value)";
    }
}

if (mysqli_query($conn, $sql)) {
    echo "Values inserted successfully in the table seqs\n";
} else {
    echo "Error inserting values: " . mysqli_error($conn);
}
mysqli_close($conn);

?>

它连接成功，但我收到以下错误：

连接成功

注意：未定义的偏移量：第 26 行 C:\xampp\htdocs\test.php 中的 1

插入值时出错：未选择数据库

谁能帮我这个脚本哪里错了？谢谢！

标签： phpparsingmysqlifasta

解决方案

我发现问题出在用户名和密码上。我在同一个数据库中查看了 XAMPP 的权限，结果发现我还必须指定用户名和密码。

$servername = "localhost";
$username = "root";
$password = "";
$dbname = "shortseqdb";
// Create connection
$conn = mysqli_connect($servername, $dbname);

// Check connection
if (!$conn) {
    die("Connection failed: " . mysqli_connect_error());
}
echo "Connected successfully\n\n";
// select a db
mysqli_select_db($conn,"shortseqdb") or die("Could not select the specified database");

并用于mysqli_db_connect($connect,dbname)选择指定的数据库。然后它完美地工作了。

感谢您的意见。

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