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python - 循环遍历变量 URL (Python)

问题描述

Python newby 在这里。

我正在为 DNA 序列开发一个简单的序列搜索程序。主要思想是从 NCBI 数据库中获取来自特定基因组和起点的不同序列。到目前为止，我可以简单地搜索一个基因组和一个特定位置：`

  import urllib

  genome="NC_009089.1"
  start="359055"
  end= "359070"

  link = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=%s&rettype=fasta&seq_start=%s&seq_stop=%s" % (genome, start, end)


  f = urllib.urlopen(link)
  myfile = f.read()
  print(myfile).splitlines()[1]
                              `

这是我得到的输出（该位置的序列）：

AGTAAAACGGTTTCCT

现在，我想同时找到来自不同基因组和不同起点的几个序列，返回所有找到的序列。我尝试将数据作为 csv 导入，第一列中包含基因组，从第二列开始，到第三列结束，然后对打开的文件执行 for 循环，但由于我不熟悉更改变量在 URL 中，我不知道如何进行。

对不起，如果这是一个幼稚的问题。任何帮助，将不胜感激。

标签： pythonloopsurldna-sequence

解决方案

如果您已经拥有文件中的所有参数，则可以遍历该数据并发出这样的请求（我使用列表，因为您没有显示您的代码如何从文件中读取数据）：

import urllib
url = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi'

for genome, start, end in zip(genome_list, start_list, end_list):
    data = {
        'db': 'nuccore',
        'rettype': 'fasta',
        'genome': genome,
        'start': start,
        'end': end,
    }
    f = urllib.urlopen(url, data)

通过dict使用查询参数传递 a ，urlopen()负责正确编码所有参数（使用=and &）。

如果urllib有点复杂，您可以尝试使用 pythonrequests库，根据我的经验，它使用起来要好得多（但它是第三方库，不是内置的）。

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