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python-3.x - 在 Bio.Entrez (BioPython) 中将 e-utils 命令转换为等效命令

问题描述

我在使用 BioPython 连接每个命令时遇到了一些麻烦。

有人可以帮助我使用 BioPython 将此命令行转换为等效的吗？

esearch -db assembly -query "GCF_002514765.1" | elink -target biosample | efetch -format xml

谢谢，

标签： python-3.xbiopython

解决方案

总结可以解决。

from Bio import Entrez

acc = "GCF_002514765.1"
search = Entrez.read(Entrez.esearch(db="assembly", term=acc))
summary = Entrez.read(Entrez.esummary(db="assembly",id=idsearch['IdList'],report="full"))

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