r - 带有省略号的PCA，R中没有颜色

Question

我正在尝试制作 PCA 图以供发布。这意味着没有颜色。但是，在您告诉它对数据类别进行分组的那一刻，我尝试过的所有包都为绘图着色。

我已经尝试过这些软件包：ggbiplot、ggfortify 和 factoextra。不幸的是，没有成功。

在我尝试过的代码上（从这里）：

library(ggbiplot)
mtcars.pca <- prcomp(mtcars[,c(1:7,10,11)], center = TRUE,scale. = TRUE)

ggbiplot(mtcars.pca)

ggbiplot(mtcars.pca, labels=rownames(mtcars))

mtcars.country <- c(rep("Japan", 3), rep("US",4), rep("Europe", 7),rep("US",3), "Europe", rep("Japan", 3), rep("US",4), rep("Europe", 3), "US", rep("Europe", 3))

ggbiplot(mtcars.pca,ellipse=TRUE,  labels=rownames(mtcars), groups=mtcars.country)

并返回这张图片

但我需要的是一些东西：像这样

希望我足够清楚。

标签： rcolorspca

Answer 1

@SantiagoCapobianco 的答案包含所有部分，但没有将它们放在一起。

dataEllipse从 car 包中一直使用正确的参数。

library(car)

mtcars.country <- factor(mtcars.country)

dataEllipse(mtcars.pca$x[,1], mtcars.pca$x[,2], mtcars.country, 
    levels=0.8, xlim=c(-5,5), ylim=c(-4,4), center.pch=0,
    col=rep("black", 3), pch=15:17)
legend("topleft", legend=levels(mtcars.country), pch=15:17, bty='n')