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linux - 如何从终端窗口启动 IGV

问题描述

我已经使用终端成功安装了 IGV 程序，但一段时间以来无论我尝试什么都无法启动它。实现这一目标的必要命令是什么？ sudo apt install IGV已经工作并且命令输出运行顺利。

到目前为止，我已经多次安装它，试图找出问题所在，但我还没有得到任何地方。

有谁能够帮助我？

标签： linuxterminal

解决方案

注意：我建议您在执行以下步骤之前删除之前安装的 IGV 包以避免冲突。只需执行：

$ sudo apt remove --purge igv

首先，您至少需要安装Java 11（因为与以前的版本不兼容）。

安装默认 JRE/JDK

安装 Java 最简单的选择是使用与 Ubuntu 一起打包的版本。默认情况下，Ubuntu 18.04 包含 Open JDK，它是 JRE 和 JDK 的开源变体。

要安装此版本，首先更新包索引并升级您的系统：

$ sudo apt update && apt upgrade

接下来，检查是否已经安装了 Java：

$ java -version

如果当前未安装 Java，您将看到类似于以下内容的输出：

bash: java: Command not found.

执行以下命令安装 OpenJDK：

$ sudo apt install default-jre

此命令将安装 Java 运行时环境 (JRE)。然后，您将能够运行几乎所有的 Java 软件。

现在验证安装：

$ java -version

您将看到以下输出（版本可能不同）：

openjdk version "11.0.3" 2019-04-16
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1, mixed mode)

下一步是下载 IGV并将文件解压缩到您选择的位置（例如/opt）。

然后在终端中打开该目录（通过"Open in Terminal"）或启动终端并通过cd命令切换到该目录（目录名称可能不同）：

$ cd /opt/IGV_Linux_2.5.0

要启动 IGV（从命令行），请执行以下命令：

$ java --module-path=lib -Xmx4g @igv.args --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main

igv.sh或者，您可以使用目录中的脚本启动 IGV IGV_Linux_2.5.0。您可能必须首先通过键入以下内容使脚本可执行：

$ sudo chmod a+x igv.sh

注意：与以前的版本相比，Java 11 的命令行变得更加复杂。

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