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bash - 在 Travis CI 上激活 conda

问题描述

我正在使用 conda 4.6.8 在 Travis CI 的 conda env 中测试 python 包。我想用我的 Travis CI 配置中的新命令source activate ENVNAME替换我的旧行。如果我在 Travis 上运行它：conda activate ENVNAME 

>>> conda update -n base conda
>>> conda init
no change     /home/travis/miniconda/condabin/conda
no change     /home/travis/miniconda/bin/conda
no change     /home/travis/miniconda/bin/conda-env
no change     /home/travis/miniconda/bin/activate
no change     /home/travis/miniconda/bin/deactivate
no change     /home/travis/miniconda/etc/profile.d/conda.sh
no change     /home/travis/miniconda/etc/fish/conf.d/conda.fish
no change     /home/travis/miniconda/shell/condabin/Conda.psm1
no change     /home/travis/miniconda/shell/condabin/conda-hook.ps1
no change     /home/travis/miniconda/lib/python3.7/site-packages/xonsh/conda.xsh
no change     /home/travis/miniconda/etc/profile.d/conda.csh
modified      /home/travis/.bashrc
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

如何在 Travis 上“关闭并重新打开”我的 shell？因为否则我无法激活我的 conda 环境：

>>> conda create -n TEST package_names
>>> conda activate TEST
CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run
    $ conda init <SHELL_NAME>
Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell
See 'conda init --help' for more information and options.
IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.
The command "conda activate TEST" failed and exited with 1 during .
Your build has been stopped.

标签： bashshellanacondatravis-ciconda

解决方案

不确定它目前是否受支持，因为官方文档仍在sourcetravis.yml 中使用。

做什么conda init？

这个新命令应该协调用户设置他们的 shell 以便能够调用conda activate.

实际上，如果您运行，conda init --dry-run --verbose您会看到它尝试conda.sh从您的来源~/.bashrc（假设您正在运行 Bash，来自您问题中提到的信息）。

并将conda.sh定义一个conda()函数，该函数将捕获其中的一些命令activate并deactivate分派到$CONDA_EXE：

conda() {
    if [ "$#" -lt 1 ]; then
        "$CONDA_EXE"
    else
        \local cmd="$1"
        shift
        case "$cmd" in
            activate|deactivate)
                __conda_activate "$cmd" "$@"
                ;;
            install|update|upgrade|remove|uninstall)
                "$CONDA_EXE" "$cmd" "$@" && __conda_reactivate
                ;;
            *) "$CONDA_EXE" "$cmd" "$@" ;;
        esac
    fi
}

因此，除非在本地 shell 中定义了此函数，否则您将无法调用conda activate.

提示解决方案？（未针对 Travis CI 进行测试）

我可以建议的唯一提示是尝试source $(conda info --root)/etc/profile.d/conda.sh然后conda activate。conda init 这应该与假设您使用 Bourne shell 衍生物大致相同。

因为csh有$(conda info --root)/etc/profile.d/conda.csh，因为fish有$(conda info --root)/etc/fish/conf.d/conda.fish

注意：虽然未针对 Travis CI 进行测试，但此解决方案适用于我的 bash。当然，应该在PATHfor中找到 conda 可执行文件conda info --root才能正常工作。

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