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r - R CMD build 与 devtools::build() （在顶层找到的非标准文件/目录）

问题描述

我正在编写一个 R 包并使用以下命令构建和测试它：

Rscript -e "devtools::document()" && R CMD build . && Rscript -e "devtools::test();devtools::check()"

我得到一个注释：

checking top-level files
   Non-standard file/directory found at top level:
     ‘PosteriorBootstrap_0.0.1.tar.gz’

我得到了devtools::check()第一名还是第二名的说明。

该线程建议：

该注释告诉您，您通常不应该在包的顶层有一个名为 build 的文件。

该tar.gz文件是由创建的R CMD build，即使我在运行它之前将其删除，我也会收到相同的错误。

该线程 建议将tar.gz文件添加到.Rbuildinore，这会删除注释。

删除它的另一种方法是从 devtools 运行所有内容：

Rscript -e "devtools::document(); devtools::build(); devtools::load_all('.'); devtools::test(); devtools::check()"

然后我没有收到那张纸条。

前者有什么区别R CMD build，devtools::build()为什么要扔那个纸条？

标签： rdevtools

解决方案

您正在组合执行相似和/或竞争功能的多个步骤。我建议阅读此书以获得最佳实践build和check工作流程。

当您运行R CMD build它时，它将包构建到当前目录，这是顶级包目录。因此，当您运行检查时，它会在包根目录中看到 .tar.gz 文件，这是包中的非标准文件，因此会发出警告。devtools::build()很聪明，并将包构建到包父目录（无论您从哪里调用它）。尝试调用与函数R CMD混合的命令可能会产生问题，因为也会调用命令，因此您可能会在不同时间点重复操作或导致命令以不正确的顺序调用。devtoolsdevtoolsR CMD

根据上面的链接，最佳实践工作流程是：

Rscript -e "devtools::document();devtools::check();devtools::build()"

从包根目录调用，你完全避免处理R CMD。如果你想使用R CMD它看起来像这样：

Rscript -e "devtools::document()" && cd .. && R CMD build PosteriorBootstrap && R CMD check PosteriorBootstrap*.tar.gz

从包根目录开始，然后切换到父目录。

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