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python - 使用条件匹配一行中的多个模式

问题描述

我有一个这样的fasta文件： myfasta.fasta

>1_CDS
AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG
AAATTATTA
>2_CDS
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>3_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>4_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>5_rRNA
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>6_tRNA
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA

我有一个代码，我想根据它们的 id 来分隔序列，这些 id 具有匹配模式，如“CDS”、“tRNA”等。在下面的代码中，我正在尝试使用startswith 并匹配不匹配的模式t 似乎工作。有人可以帮我如何在python中查找两个条件。

代码：python mycode.py myfasta.fasta

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]
fasta = open(myfasta)

for line in fasta:
    if line.startswith('>') and 'CDS' in line:
        print(line)
    else:
        print(line)

预期输出（如果我使用CDS）：

>1_CDS
AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG
AAATTATTA
>2_CDS
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>3_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>4_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT

标签： pythonbioinformaticsfasta

解决方案

这是一个适合您的代码。如果一行有 CDS，它会打印该行和下一行。strip()打印行时删除结束行字符。

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]

flag = False
with open(myfasta) as fasta:
    for line in fasta:
        if line.startswith('>') and 'CDS' in line:
            flag = True
        elif line.startswith('>'):
            flag = False
        if flag:
            print(line.strip())

编辑：您可以将 elif 部分删除为以下代码：

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]

flag = False
with open(myfasta) as fasta:
    for line in fasta:
        if line.startswith('>'):
            flag = 'CDS' in line
        if flag:
            print(line.strip())

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