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r - R 中的 Swimmerplot，堆叠条之间有“空白”空间（ggplot）

问题描述

问题描述

我正在尝试使用 ggplot 在 R 中制作一个游泳图。但是，当我想在绘图的两个堆叠条之间留出“空白”空间时，我遇到了一个问题：这些条彼此相邻排列。

代码和示例数据

我有以下示例数据：

# Sample data
df <- read.table(text="patient start keytreat duration
                 sub-1    0   treat1  3
                 sub-1    8   treat2  2
                 sub-1    13  treat3  1.5
                 sub-2    0   treat1  4.5
                 sub-3    0   treat1  4
                 sub-3    4   treat2  8
                 sub-3    13.5  treat3  2", header=TRUE)

当我使用以下代码生成游泳图时，我最终得到了一个包含 3 个主题的游泳图。对象 2 仅接受了 1 次治疗（治疗 1），因此显示正确。

然而，受试者 1 接受了 3 次治疗：从时间点 0 到时间点 3 的治疗 1，然后从 3 到 8 什么都没有，然后从 8 到 10 的治疗 2 等等......

数据以某种方式绘制，在患者 1 和 3 中，所有治疗都是连续的，而不是中间有“空”间隔。

# Plot: bars
bars <- map(unique(df$patient)
            , ~geom_bar(stat = "identity", position = "stack", width = 0.6,
                        , data = df %>% filter(patient == .x)))



# Create plot
ggplot(data = df, aes(x = patient,
                      y = duration,
                      fill = reorder(keytreat,-start))) + 
  bars +
  guides(fill=guide_legend("ordering")) + 
  coord_flip()

问题

如何在这个游泳情节中包含两个非连续治疗之间的空白？

标签： rggplot2

解决方案

在这种情况下，我认为这不是geom_bar正确的几何。它实际上是为了显示频率或计数，您不能明确控制它们的开始或结束坐标。

geom_segment可能是你想要的：

library(tidyverse)

# Sample data
df <- read.table(text="patient start keytreat duration
                 sub-1    0   treat1  3
                 sub-1    8   treat2  2
                 sub-1    13  treat3  1.5
                 sub-2    0   treat1  4.5
                 sub-3    0   treat1  4
                 sub-3    4   treat2  8
                 sub-3    13.5  treat3  2", header=TRUE)

# Add end of treatment
df_wrangled <- df %>%
  mutate(end = start + duration)

ggplot(df_wrangled) +
  geom_segment(
    aes(x = patient, xend = patient, y = start, yend = end, color = keytreat),
    size = 8
  ) +
  coord_flip()

由reprex 包（v0.2.1）于 2019 年 3 月 29 日创建

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