r - R索引矩阵以在绘图坐标中使用

Question

我正在尝试在 R 中绘制一个时间社交网络。我的方法是为所有节点创建一个主图和布局。然后，我将根据一系列顶点 ID 对图进行子集化。但是，当我这样做并布局图形时，我会得到完全不同的节点位置。我想我要么错误地对布局矩阵进行了子集化。我找不到我的问题所在，因为我已经完成了一些较小的矩阵子集，而且一切似乎都运行良好。

我在网络图中有一些示例代码和问题图像。

library(igraph)

# make graph
g <- barabasi.game(25)




# make graph and set some aestetics 
set.seed(123)
l <- layout_nicely(g)
V(g)$size <- rescale(degree(g), c(5, 20))
V(g)$shape <- 'none'
V(g)$label.cex <- .75
V(g)$label.color <- 'black'

E(g)$arrow.size = .1

# plot graph

dev.off()

par(mfrow = c(1,2), 
    mar = c(1,1,5,1))


plot(g, layout = l, 
     main = 'Entire\ngraph')


# use index & induced subgraph

v_ids <- sample(1:25, 15, F)
sub_l <- l[v_ids, c(1,2)]
sub_g <- induced_subgraph(g, v_ids)


# plot second graph
plot(sub_g, layout = sub_l,
     main = 'Sub\ngraph') 

第二个图中的顶点应该与第一个图中的顶点相匹配。

标签： rmatrixplotigraph

Answer 1

不幸的是，您在生成图表后设置了随机种子，因此我们无法准确重现您的结果。我将使用相同的代码，但set.seed在图形生成之前。这使结果看起来与您的不同，但可以重现。

当我运行您的代码时，我没有看到与您显示的完全相同的问题。

您的代码（已set.seed移动和scales添加）

library(igraph)
library(scales)            # for rescale function

# make graph
set.seed(123)
g <- barabasi.game(25)

# make graph and set some aestetics 
l <- layout_nicely(g)
V(g)$size <- rescale(degree(g), c(5, 20))
V(g)$shape <- 'none'
V(g)$label.cex <- .75
V(g)$label.color <- 'black'
E(g)$arrow.size = .1
## V(g)$names = 1:25

# plot graph
dev.off()

par(mfrow = c(1,2), 
    mar = c(1,1,5,1))

plot(g, layout = l, 
     main = 'Entire\ngraph')

# use index & induced subgraph
v_ids <- sort(sample(1:25, 15, F))
sub_l <- l[v_ids, c(1,2)]
sub_g <- induced_subgraph(g, v_ids)

# plot second graph
plot(sub_g, layout = sub_l,
     main = 'Sub\ngraph', vertex.label=V(sub_g)$names) 

当我运行您的代码时，两个图的节点都位于相同的位置。这不是我在您问题的图表中看到的。我建议您只运行这段代码，看看是否得到相同的结果（两个图中相同位置的节点）。我的版本中两个图表之间的唯一区别是节点标签。当您获取子图时，它将节点从 1 重新编号到 15，因此节点上的标签不一致。您可以通过在获取子图之前将节点标签存储在图中来解决此问题。具体来说，V(g)$names = 1:25在您的语句之后立即添加E(g)$arrow.size = .1。然后再次运行整个事情 ，从set.seed(123). 这将保留原始编号作为节点标签。

该图看起来略有不同，因为新的子图不会占用所有空间，因此会被拉伸以用完空白空间。