python - Visual Studio 2019、Python 和神经元模拟器

Question

我已经启动并运行了 Visual Studio Community 2019。我正在尝试将 Python 与 NEURON(7.2.536.15) 包一起使用。我的 Python 3.7（64 位）环境中有神经元包。如何将神经元模拟器加载到我的 Python 应用程序中？

命令：导入神经元生成：没有名为“神经元”的模块导入神经元生成：没有名为“神经元”的模块

如何将神经元模拟器加载到 VS Python 中

标签： pythonvisual-studioneuron-simulator

Answer 1

简短的回答：

您需要从源代码编译 NEURON以使 Python 中的“导入神经元”工作。正如官方 NEURON 网站在其 Win 编译页面中所说的那样，即使这样也可能会出现问题：'这里的说明可能会或可能不会仍然有效。'

更多详情：

pip 包 'neuron' 和 'pyneuron' 是相同的，并且已由另一组开发人员（不是主要的 NEURON 开发人员）发布，以便更容易在 Win 下导入神经元模块。似乎只支持 Python 2.7（而且只有 32 位？）。见：https ://bitbucket.org/uric/pyneuron/wiki/Home

在 Win 下还有其他一些尝试允许“从神经元导入 h”： https ://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?t=2501

https://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?f=5&t=2604

如果您可以切换到 32 位 Python 2.7，那么该软件包可能仍然适合您。

但是，一般来说，如果您需要在 VS/Windows 下使用 NEURON+Python，我可以建议一些替代方案：

尝试使用“nrniv -python yourfile.py”命令启动 NEURON

此方法成功导入神经元模块。缺点是它先启动 NEURON，然后再运行脚本。没有办法延迟 NEURON 的加载。

使用 Ubuntu VM，但通过 VM 网络共享使用 Visual Studio 编辑文件

这样，您将使用调试最多的 NEURON 版本，但仍具有使用 Visual Studio/Windows 的优势。

对于调试，您需要设置 python 远程调试（例如：https ://donjayamanne.github.io/pythonVSCodeDocs/docs/debugging_remote-debugging/ ）。

如果您将使用这条路线，我有一个关于如何在 Ubuntu 下编译 NEURON 并确保它可以从 Python 导入神经元的教程：

https://neurojustas.wordpress.com/2018/03/27/tutorial-installing-neuron-simulator-with-python-on-ubuntu-linux/

为了使网络共享工作，我还有另一个教程：

https://neurojustas.com/2018/03/27/tutorial-share-ubuntu-folder-with-windows/

个人经验

我和你一样，最初尝试在 Windows 下运行 NEURON 和其他 comp-neuro 工具，但多年来了解到，在 comp-neuro 社区中通常对 Windows 的支持很差。他们的软件往往首先在 Ubuntu 或 MacOS 下开发，偶尔在 Win 下进行测试/支持。我什至在 Win 下做了一些软件工作，但很快就被其他工具中的问题所淹没。虽然我不得不经历学习 Linux 的麻烦，但是 comp-neuro 软件的质量和对它的支持更好。我在 Windows 上运行 Ubuntu VM 以获得两全其美的效果。