r - 用 R 绘制每个波长的每个/某些 PCA 分量的 R2

Question

我在使用 PCA 方面有一些经验，但这是我第一次尝试将 PCA 用于光谱数据......

我有一个带有光谱的大数据，我使用 prcomp 命令为整个数据集计算 PCA。我的结果表明，3 个分量解释了 99% 的方差。

我想绘制每个波长（以 4、200-1000 nm 为步长）的三个 PCA 组件中的每一个的贡献，就像我在此站点上找到的图 2 的示例： https ://learnche.org/pid /潜在变量建模/主成分分析/pca-example-analysis-of-spectral-data

有没有人有我如何在 R 中做到这一点的代码？

谢谢

标签： rplotpcaspectra

Answer 1

我相信可变载荷矩阵可以在model.pca$rotationprcomp文档中找到。所以应该这样做（使用链接网站上的示例）：

file <- 'http://openmv.net/file/tablet-spectra.csv'
spectra <- read.csv(file, header = FALSE)
n.comp <- 4

model.pca <- prcomp(spectra[,2:651],
                    center = TRUE,
                    scale =TRUE,
                    rank. = n.comp)
summary(model.pca)


par(mfrow=c(n.comp,1))
sapply(1:n.comp, function(comp){
  plot(2:651, model.pca$rotation[,comp], type='l', lwd=2,
       main=paste("Comp.", comp), xlab="Wavelength INDEX")

})

我没有波长值，所以我在这里使用了数组的索引；下面输出。