python-3.x - 原子映射反应 RDKit

Question

应用一个简单的反应后，我收到以下警告消息：

product 1 has no mapped atoms.

我猜这与反应后的原子映射有关，但我包含并索引智能公式以避免这种情况，使 RDKit 知道如何处理我提供的反应物，但我无法弄清楚这个警告的含义。

到目前为止我的方法：

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('[Ch:1]-[C+1:2]>>[C:1]=[C+0:2].[H+]')
ps = rxn.RunReactants((Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C)=C/CC1'),))

这导致我收到以下警告：

product 1 has no mapped atoms.

在检查产品及其微笑时，我看不到任何与警告有关的奇怪现象。

Chem.MolToSmiles(ps[0][0])
Out[16]: 'CC(C)=[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'
Chem.MolToSmiles(ps[1][0])
Out[17]: 'C=C(C)[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'

有什么提示吗？

标签： python-3.xrdkit